В 1733 г. по доносу Тайная канцелярия обнаружила в Берлюковской пустыни списки сочинений опального архимандрита Маркелла (Радышевского, в том числе «Возражение на Объявление о монашестве, на Регламент Духовный»). Указом Синода от 17 января 1734 г. иеромонахи Иосия, Иаков, Сильвестр и иеродиакон Боголеп были арестованы и 4 апреля 1734 г. отправлены в Санкт-Петербург. Среди обнаруженных в монастырской библиотеке рукописей был уникальный список «Слова понуждаемого к ... царю ... Алексею Михайловичу ...» Константинопольского патриарха Афанасия III Пателлария. Разбирательством лично занялся архиепископ Феофан (Прокопович), обвинив братию в антиправительственном заговоре. Главой заговора посчитали действительного тайного советника, президента Коммерц-коллегии Алексея Васильевича Макарова на том основании, что семья Макаровых исповедовалась у Иосии. Указом императрицы Анны Иоанновны в декабре 1738 г. монахи Берлюковской пустыни были расстрижены и сосланы на каторжные работы в Сибирь и Охотск, а иеромонах Иосия был бит кнутом, подвергся вырезанию ноздрей и был сослан на вечное поселение на Камчатку. Решением Святейшего Синода Берлюковская пустынь подлежала закрытию, оставшиеся в ней насельники и имущество – переводу в другие монастыри. В 1759 г. пустынь числилась среди действующих, по описи 1764 г. в ней находились каменный одноглавый двухпрестольный храм во имя Святой Троицы и Николая Чудотворца, деревянная колокольня, две настоятельские кельи, «крытые дранью, при одной через сени – хлебня, при другой – клеть», четыре братские кельи с сенями, сенной и тележный сараи, два хлебных амбара, бревенчатая ограда со св. вратами. Рядом с оградой находились скотный двор, конюшня, деревянная изба для конюхов. Вся пустынь занимала 29х49 сажён земли. Братии вместе с настоятелем и священником было восемь человек. После представления настоятелем игуменом Никоном в Московскую духовную консисторию записки о бедственном положении Берлюковской пустыни 30 апреля 1770 г. обитель была упразднена, имущество передано подмосковному Екатерининскому монастырю. В 1778 г. Московский митрополит Платон (Левшин), гостивший в соседнем имении сенатора Ивана Владимировича Лопухина Савинском, посетил упразднённую Берлюковскую пустынь, совершил молебен в обветшавшем храме и решил восстановить обитель. Настоятелем был назначен игумен Лука, затем иеромонах Иоасаф, началось активное строительство. Митрополит Платон лично чертил планы построек. Для увеличения средств на строительство и содержание братии к Берлюковской пустыни были приписаны часовни в селе Алексеевском, деревни Шалово, Мизиново и Псарьки Богородского уезда, две часовни в Москве у Каменного моста и на Елоховской улице.