Летом 1920 г. Борис освятил храм в селе Улан-Горхон (в Иркутской епархии). В начале 1921 г. власти закрыли иркутский Вознесенский монастырь, настоятелем которого являлся Борис, в присутствии епископа были кощунственно вскрыты мощи Иркутского святителя Иннокентия (Кульчицкого). Указом патриарха Тихона в конце 1921 г. Борис был назначен епископом Уфимским и Мензелинским; на кафедру прибыл в конце февраля – начале марта 1922 г. 18–19 октября 1922 г., в ходе кампании по изъятию церковных ценностей, епископ был арестован в Уфе, следствие проходило в Перми, т.к. власти боялись, что верующие Уфы окажут поддержку своему архиерею. Доказать участие Бориса в сопротивлении изъятию не удалось, 19 января 1923 г. Пермский окружной суд обвинил его в «моральной и материальной поддержке правительства Колчака» и приговорил к семи годам принудительных работ с заключением в Пермском исправдоме. В результате амнистии срок был сокращён до двух лет с зачётом предварительного заключения. Борис провёл в тюрьме год, после освобождения Борис, согласно Постановлению патриарха Тихона от 21 января 1924 г., должен был вернуться к управлению Уфимской епархией, однако вскоре (не позднее февраля – начала марта) он был сослан в Харьков или непосредственно из Перми, или из Уфы после кратковременного пребывания на кафедре. В 1924 г. в нескольких периодических изданиях было опубликовано «Заявление во ВЦИК епископа Бориса Харьковского» от 6 ноября, в котором автор писал о своём «отмежевании» от патриарха Тихона и присоединении к обновленчеству. Впрочем, уже в начале 1925 г., по утверждению уфимских обновленцев, Борис был «опять с Тихоном». 1 марта 1926 г. вместе с несколькими украинскими архиереями, во главе которых стоял Прилукский епископ Василий (Зеленцов), Борис, временно управлявший Каменец-Подольской епархией, поддержал Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) в его противостоянии раскольнической деятельности Екатеринбургского архиепископа Григория (Яцковского). В 1927 г. Борис был возведён в сан архиепископа и 27 сентября назначен на Тульскую кафедру. В конце того же года он был арестован по обвинению «в активной работе по объединению всех церковных ориентаций для организованной борьбы с советской властью», приговорён к трём годам концлагерей с последующим трёхгодичным запретом проживания в центральных городах, отбывал наказание в Соловецком лагере особого назначения (СЛОН). 21 мая 1934 г. назначен на Тобольскую кафедру, в управление епархией не вступал; 21 мая 1935 г. назначен архиепископом Томским, 9 июня назначение было отменено; с января 1936 г. – архиепископ Петрозаводский и Олонецкий, епархией не управлял.