Однако и впоследствии, как полагают исследователи, среди православных киевлян сохранялось недовольство латинским характером школы, что заставило Сильвестра (Коссова) в 1635 г. написать «Exegesis» в защиту киевского и винницкого училищ от обвинений в ереси. В 1632 г. киевская школа приобрела статус коллегии. Несмотря на последовавшие вскоре ограничения (в 1634 г. король запретил преподавать в Киеве на латыни, в следующем году сейм постановил ограничить здесь изучение философии только началами – логикой и диалектикой), киевская коллегия фактически являлась высшим учебным заведением, поскольку в ней читались курсы философии и богословия. В коллегии поддерживался также высокий уровень преподавания риторики. Выпускниками школы в XVII в. были выдающиеся украинские и белорусские церковные писатели, ораторы, богословы – Иоанникий (Галятовский), Лазарь (Баранович), Симеон Полоцкий, Епифаний (Славинецкий) и многие другие. Просветительские возможности школы в немалой степени были усилены использованием для школьных нужд типографии Киево-Печерского монастыря. В 1658 г. постройки коллегии пострадали от пожара, в результате конфискаций земель ухудшилось её материальное обеспечение. Положение школы изменилось к лучшему, начиная с 1669 г., когда её ректором стал Варлаам (Ясинский), впоследствии Киевский митрополит. Он начал посылать молодых людей на учёбу за границу с целью воспитать новое поколение профессоров. В 1670 г. король Михаил Корыбут Вишневецкий выдал привилеи, разрешавшие восстановить разорённую коллегию и защищавшие имения братского монастыря и училища. Грамотой царей Петра и Иоанна в 1694 г. в коллегии разрешалось беспрепятственное преподавание наук, в 1701 г. указом Петра I коллегия была превращена в академию. В конце XVIII в. число учеников в академии доходило до 1 тыс. человек. На протяжении XVII в. и позднее влияние киевской духовной школы на православное образование в разных землях было очень велико. Киевская школа являлась главным поставщиком учителей в другие братские школы и участвовала в открытии новых православных учебных заведений. В 1640 г. по желанию молдавского господаря в Яссах при участии Софрония (Почаского) была открыта школа по образцу киевской. Воспитанники и преподаватели киевской коллегии Епифаний (Славинецкий) и Арсений (Сатановский) сыграли важную роль в создании греко-латинской школы в Москве; выпускник коллегии Симеон Полоцкий был одним из организаторов московской Славяно-греко-латинской академии. Устав луцкой школы (утверждён в 1624 г.) полностью копировал львовский школьный устав. В начале её существования (с 1619 г.) за контроль над преподаванием в школе боролись братчики-миряне и монахи Крестовоздвиженского братского монастыря. В 1624 г. было достигнуто соглашение, согласно которому ректор и учителя должны были избираться из монахов, миряне должны были заботиться об обеспечении учителей. В XVII в. луцкая школа являлась образовательным центром православных всей Волыни, что определялось довольно высоким уровнем преподавания в ней. Среди учителей школы наиболее известны Павел Домжив-Люткович Телица, Елисей Илковский, Павел Босинский, Августин Славинский. Школа неоднократно подвергалась нападениям со стороны учеников луцкой иезуитской коллегии, в 1627 г. разгромивших школьное здание. В 1726 г. братство и вместе с ним школа прекратили своё существование.