Упадок училища начался во второй половине XVII в., в конце столетия братская типография закрылась, однако школа продолжала действовать. В 1740 гг. братство просило Святейший Синод Русской церкви о присылке учителя. После пожара 1749 г. братство было разорено, и школа, если и продолжала существовать, влачила жалкое существование. Могилёвская школа при Богоявленском братстве была создана в 1590–1592 гг. по образцу львовской. Однако в ней (как и в виленской) с самого начала преподавались четыре языка – церковнославянский, «проста мова», латынь и польский. В 1624 г. здание школы отняли католики, однако в 1633 г. преподавание возобновилось. В 1630 гг. здесь преподавал латынь Сильвестр (Коссов). В 1654 г., после того как русские войска заняли город, царь Алексей Михайлович даровал братскому училищу права, равные с киевской школой. После возвращения в 1667 г. Могилёва в состав Речи Посполитой преподавание в школе происходило по-прежнему по программе киевской коллегии. В 1755 г. православный Могилёвский епископ Георгий (Конисский) организовал при братском монастыре семинарию. Школа при Киевском Богоявленском братстве возникла, как полагают исследователи, сразу при его создании в 1615/1616 гг., согласно дарственной Елизаветы (Галшки) Гулевичувны Лозкиной. Первым её ректором стал приглашённый из Львова Иов (Борецкий), в 1617/1618 гг. ректором являлся Мелетий Смотрицкий, в 1620–1624 гг. – Кассиан Сакович, в 1626–1628 гг., возможно, Спиридон (Соболь), в 1628–1631 гг. – Фома Иевлевич. С самого начала в школе преподавались польский и латинский языки. В 1620 г. Иерусалимский патриарх Феофан утвердил киевское училище в качестве «наук еллино-словенского и латино-польскаго письма». Став в 1627 г. архимандритом Киево-Печерского монастыря, Пётр (Могила) задумал создать при монастыре школу. В том же году он просил у Константинопольского патриарха благословение на открытие «латинских и польских училищ»; кроме того, избрал из монахов наиболее даровитых, в частности, Иннокентия (Гизеля), возможно, Софрония (Почаского), и послал их учиться за границу. Митрополит Иов (Борецкий), киевские братчики и казаки выступили против этого плана. Однако осенью 1631 г. занятия в монастырской школе всё же начались, в новооткрытую школу Пётр (Могила) пригласил из Львова Исаию Козловского, ставшего ректором, и Сильвестра (Коссова). Эти действия также вызвали недовольство братчиков. Переговоры между братством и монастырём закончились слиянием монастырского училища с братским. Однако в действительности победу одержал Пётр (Могила), который вписался в братство как его «старший брат», опекун и фундатор и осуществлял руководство новым братским училищем, открывшимся в 1632 г., братство же было фактически устранено от контроля над школой. Исаия Козловский преподавал в киевской школе философию и, возможно, богословие, Сильвестр (Коссов) – риторику, Софроний (Почаский) – риторику и поэтику (в 1638 г. он стал ректором училища и игуменом братского монастыря).