Первая грамматика церковнославянского языка вышла в Вильно в 1586 г., наиболее полной и известной была «Грамматики славенские правилное синтагма» Мелетия (Смотрицкого). «Грамматика, албо Сложение письмени, хотящим ся учити славеньского языка малолетним отрочатом» (Вильно, 1621 г.), написанная Мелетием (Смотрицким) на основе более раннего сочинения, представляет собой азбуку с элементами грамматики, она легла в основу азбуки Василия Фёдоровича Бурцова (М., 1634 г.). Первым церковнославяно-русским словарём стал «Лексис» Лаврентия Зизания (Вильно, 1596 г.). Наиболее полным словарём (около 4 тыс. слов) был «Лексикон славяно-росский» Памвы Берынды (Киев, 1627 г.). Греческий язык в братских школах преподавался по греко-славянской грамматике «Адельфотис. Грамматика доброглаголиваго еллинославенскаго языка» (Львов, 1591 г.), составленной Арсением Элассонским на основе западной и византийской грамматик, и по греческим грамматикам Кленарда. Латынь учили по грамматикам Корнелия Валерия (1565 г.), М. Альвареса (1592 г., и другие издания), Элия Доната (первое издание: Краков, 1503 г.), а также по пособию по латинской фразеологии Альда Мануция (1561 г.). Богословие преподавалось по катехизисам. Первый православный катехизис был издан Стефаном Зизанием в 1595 г. (не сохранился). «Катехизис, албо Вызнане веры святое соборное апостольское въсходное Церкви» (Вильно, 1600 г.) являлся извлечением из обширного курса догматики, читавшегося в виленской школе. Использовались также «Катехизис» Лаврентия Зизания (Киев, 1627 г.), сочинения православных полемистов, в первую очередь, Захарии (Копыстенского). Диалектика сначала преподавалась по сочинению Иоанна Дамаскина, затем и по латинским пособиям. Риторика и гомилетика первоначально изучались по латинским и польским руководствам, в 1659 г. впервые была издана «Наука, албо Способ, зложения казаний» Иоанникия (Галятовского; впоследствии неоднократно переиздавалась). Пению учили по Ирмологиям, до XVIII в. существовавшим в рукописном виде. Пособием по пиитике в какой-то мере выступало «Перло многоценное» Кирилла (Транквиллиона-Ставровецкого; Чернигов, 1646 г.). Светский характер образования в братских школах вызывал критику со стороны части западнорусского православного общества. Афонский монах Иоанн (Вишенский) выступал против изучения риторики и философии, считая современное ему братское образование латинским и даже языческим. Внешней учёности он противопоставлял внутренний христианский опыт, прежде всего, монашеский. Идеи Иоанна (Вишенского) разделяли многие православные Западной Руси, однако немало было и таких, кто не соглашался с ним, например, автор «Перестороги» (по-видимому, кто-то из львовских братчиков), по мнению которого именно светские школы, а не строительство новых монастырей и храмов были способны вывести православную Западнорусскую церковь из кризиса, в котором она оказалась к середине XVI в. Видный деятель Киевского братства Захария (Копыстенский) в «Палинодии» защищал светские науки, возводя их к византийской, следовательно, православной традиции. Одной из важнейших братских школ была львовская школа, открывшаяся при Львовском Успенском братстве не позднее последних месяцев 1585 г.