В 1858 г. один из друзей М.П. Погодина издал в Лейпциге книгу И.С. Беллюстина «Описание сельского духовенства» без согласия её автора. Хотя М.П. Погодин отрицал причастность к изданию книги, тем не менее, она несомненна – М.П. Погодин подготовил рукопись И.С. Беллюстина к печати, о чём свидетельствует, в частности, его редакторская правка на сохранившейся части рукописи, которая находится в Отделе рукописей Российского государственной библиотеки. Книга в 1858–1859 гг. была переиздана в Париже и Лондоне как на русском, так и в переводе на немецкий и французский языки, что позволило ознакомиться с ней европейской общественности. Несмотря на меры русских властей против проникновения этой книги в Россию, она получила широкое распространение в стране и произвела сенсацию, прочитал книгу и император Александр II. В книге автор постарался дать впечатляющую картину униженного положения приходского, особенно сельского, духовенства: его тяжёлый материальный быт, «всевозможные притеснения, несправедливости, оскорбления», какие приходилось ему испытывать от духовных и светских властей. И.С. Беллюстин приходил к выводу о необходимости «коренных преобразований для всего духовенства»: поднять социальный статус священника и существенно улучшить его материальное положение, ввести принцип выборности на все духовные должности. Приходское духовенство, по свидетельствам современников, положительно отнеслось к книге И.С. Беллюстина, но не все согласились с её содержанием. В 1859 г. в Санкт-Петербурге была издана брошюра Андрея Николаевича Муравьёва «Мысли светского человека о книге “Описание сельского духовенства”», а в Берлине – книга Николая Васильевича Елагина «Русское духовенство». Авторов этих изданий возмущало то, что И.С. Беллюстин возводил отдельные случаи в абсолют и не жалел «чёрных красок», описывая якобы общее положение в церкви. В письме М.П. Погодину 23 июня 1859 г. А.Н. Муравьёв подчёркивал, что написал свою книгу «по долгу совести, любя пламенно свою Церковь, когда увидел те страшные опустошения, какие уже производит в Отечестве сия книга, ещё более отвергая всё мирское от духовного». И.С. Беллюстин писал статьи преимущественно по общественно-политическим и церковным вопросам. Основной круг его интересов – положение крестьянства и духовенства, народное просвещение. В большой статье «Что сделано по вопросу о духовенстве», опубликованной в журнале «Беседа» в 1871–1872 гг., И.С. Беллюстин доказывал, что правительственные меры не изменили по существу положение духовенства, на которое он указывал в «Описании сельского духовенства».