После загадочного убийства младшего брата Чезаре Хуана (Джованни), герцога Гандии, стали распространяться слухи, что это дело рук завидовавшего ему Чезаре, однако никаких прямых доказательств его причастности к этому злодейству обнаружено не было. Он занял освободившееся место главнокомандующего папской армией, затем в 1498 г. сложил с себя сан кардинала и, получив от французского короля Людовика XII титул герцога Валентинуа, 24 мая 1499 г. заключил династический брак с сестрой короля Наварры Иоанна II Шарлоттой д'Альбре. Сближение с Францией входило в планы Александра VI и Чезаре, задавшегося целью создать под властью рода Борджа единое светское государство в Центральной Италии. Смерть Александра VI застала Чезаре в зените славы и сыграла в его судьбе роковую роль. После избрания новым папой Джулиано делла Ровере, принявшего имя Юлий II (1503–1513 гг.), одного из главных врагов рода Борджа, Чезаре был арестован, перевезён в Испанию и заточён в замке. В 1506 г. ему удалось бежать в Наварру, к своему шурину, где он год спустя был убит во время мятежа. Лукреция Борджа (1480–1519 гг.), дочь Родриго, прославилась как покровительница искусств и мастер политической интриги. Три её брака (в 1493 г. с Джованни Сфорца; в 1498 г. с Альфонсо, незаконнорожденным сыном короля Альфонсо II Неаполитанского; в 1501 г. с Альфонсо д'Эсте, сыном герцога Феррары) значительно способствовали укреплению политического могущества рода Борджа. Франциск Борджа (1510–1572 гг.), св. католической церкви (память 1 октября), из испанской ветви Борджа. Первенец герцога Гандии Хуана, сына папы Александра VI, он получил хорошее образование, в 1529 г. женился на Элеоноре де Кастро. В 1542 г. унаследовал герцогство, от которого отрёкся после смерти жены (1546 г.). В 1554 г. вступил в орден иезуитов, занимался активной проповеднической деятельностью, создавал новые коллегии в Испании. В 1565 г. стал генералом ордена. В 1671 г. канонизирован папой Климентом X (1670–1676 гг.). В конце XVI в. род Борджа приходит в упадок.