Православную сторону, помимо двух епископов, отказавшихся поддержать унию, представляли настоятели наиболее чтимых православных монастырей: Киево-Печерского, Супрасльского, Жидичинского, Дерманского, послы «всего виленского клироса», многие протопопы – представители духовенства своих округов, православные дворяне во главе с князем Острожским, послы братств. Русское православное общество постаралось обеспечить себе канонически безупречное и максимально солидное представительство как от дворянства, так и от магистратов. B нарушение буквы королевского указа в качестве сочувствующих мобилизовались местные брестские протестанты. Сам князь К.К. Острожский прибыл в Брест с вооружённой охраной отряда из татар и гайдуков с пушками. В назначенный день Митрополит Михаил, не пригласив и даже не поставив в известность православную сторону, собрал епископов в церкви св. Николая (кафедральном соборе Бреста) и после литургии и молебна официально открыл Собор. Все другие церкви Бреста были по приказу Ипатия (Потия) закрыты для православных, которым удалось найти для себя место лишь в частном доме протестанта пана Райского. 6 октября православные собрались здесь в ожидании приглашения от митрополита, но, не дождавшись его в течение всего дня, открыли свой собственный Собор, который возглавил экзарх Никифор, имевший соответствующие письменные полномочия от Константинопольского патриарха. Желая установить формальное общение с Митрополитом Михаилом, патриаршие экзархи Никифор и Кирилл Лукарис направили ему приветствие и приглашение встретиться для обсуждения организации соборных заседаний, однако Митрополит не принял ни депутацию духовных лиц, ни князя Острожского. Стало ясным, что правительственный Собор решил игнорировать православных. 7 октября делегация духовных послов добилась свидания с Митрополитом, который принял их «с яростью и презрением» и сказал, что никакого ответа на их вопрос не будет. 8 октября третье посольство направилось к Митрополиту, но уже вскоре вернулось с ответом от епископов: «Что нами сделано, то сделано. Иначе переделывать мы не можем. Худо ли хорошо ли, но мы уже соединились с западной церковью». Дорога к открытию православного Собора была, таким образом, расчищена. Экзарх Никифор после своего выступления предложил делегациям представить мнения православных «с мест». Главные тезисы заключались в следующем. 1. Русские епископы, поддержавшие унию, – вероотступники, подлежащие наказанию лишением сана. 2. Без согласия восточных патриархов один местный собор в Бресте не вправе решать вопрос об унии; такое решение незаконно, неканонично и не имеет обязательной силы. Заседание было прервано прибытием послов от короля, в числе которых был Пётр Скарга. Их принял в отдельной комнате князь Острожский с епископами Гедеоном и Михаилом, а также представителями от духовных и светских участников православного Собора. Королевские послы обвинили православных в нелояльности и приводе вооружённой охраны, а также в связях с еретиками-протестантами и экзархом Никифором, который был охарактеризован как союзник турок и враг Польши. Мирян – русских шляхтичей убеждали во имя Бога и отечества не вступать на путь измены и патриотически принять унию. Депутаты православной стороны, терпеливо выслушав упрёки и обвинения, пообещали довести их до сведения Собора. В тот же день Собор направил королевским послам ответ: «… Заявляем, что охотно приступим к соединению с римским костёлом, когда согласится на то вся Восточная церковь и особенно патриархи, когда для этого избраны будут законные пути и приняты надлежащие меры, когда согласованы будут основательно все разности в догматах и обрядах между Восточной и Западной церковью, когда, таким образом, проложен будет путь к прочному и неразрывному их соединению». День 9 октября был последним, решающим днём Собора и на униатской, и на православной стороне. Королевские послы сообщили униатскому Собору, что переговоры с православными ни к чему не привели. Архиереи и архимандриты облачились в богослужебные ризы и пошли крестным ходом в храм св. Николая. Там епископ Полоцкий Герман зачитал заранее заготовленный текст декларации унии «всем на вечную память». Β ней заявлялось, что русские епископы признали главенство папы, что они направляли своих братьев в Рим, и те от их имени дали клятву на верность римскому престолу. Теперь они собственноручно и за своими печатями вновь приемлют данное обязательство и вручают свою волю папским легатам.