В дальнейшем католическая церковь в Речи Посполитой твёрдо отстаивала своё привилегированное положение и не желала идти на уступки униатам, отдавая предпочтение прямому обращению православных в католицизм. Находившийся в Яссах экзарх Константинопольского патриарха Никифор 17 августа 1595 г. обратился с посланием к епископам и православным Киевской митрополии, призывая епископов покаяться. Если же этого не произойдёт, то Никифор предлагал православным не признавать архиереев-униатов своими пастырями и прислать к нему кандидатов для поставления на епископские кафедры. Западнорусские архиереи оказались в критическом положении: они могли теперь сохранить за собой свои кафедры лишь при поддержке королевской власти, а такая поддержка могла быть оказана лишь после заключения унии, поэтому они стали торопиться с отправкой в Рим послов для совершения торжественного акта «подчинения» Киевской митрополии папе. В ноябре 1595 г. Кирилл (Терлецкий) и Ипатий Потий отправились в Рим. Папа и его окружение в полной мере воспользовались затруднительной ситуацией, в которой оказались западнорусские иерархи. Представленные ими «артикулы» официально не обсуждались, об их утверждении папой и принятии им на себя каких-либо обязательств по отношению к духовенству Киевской митрополии не было и речи. Киевская митрополия не рассматривалась в Риме как равноправная участница диалога, с которой можно обсуждать какие-либо вопросы и заключать соглашения. К епископам Киевской митрополии и их пастве отнеслись как к «схизматикам», ходатайствующим об их принятии в лоно Римской церкви. Акт «подчинения» Киевской митрополии Риму состоялся 23 декабря 1595 г., когда западнорусские епископы, поцеловав туфлю понтифика, принесли присягу повиновения Римскому престолу «по форме, предписанной для греков, возвращающихся к единству Римской Церкви», заявив от имени западнорусского духовенства и паствы о полном принятии католицизма как догматического и церковного учения, включая определения Тридентского собора. Ни о каком сохранении каких-либо особенностей православного вероучения не было и речи. 21 января 1596 г. папа утвердил апостольскую конституцию «Magnus Dominus», в которой был изложен весь процесс прихода послов и порядок заключения унии. Акт заканчивался словами: «Мы, настоящим нашим постановлением принимаем досточтимых братьев, Михаила архиепископа – митрополита и прочих епископов русских со всем их клиром и народом русским, живущим во владениях польского короля, в лоно католической церкви, как наших членов во Христе. И во свидетельство такой любви к ним, по апостолическому благоволению, дозволяем им и разрешаем все священные обряды и церемонии, какие употребляют они при совершении божественных служб и святейшей литургии, также при совершении прочих таинств и других священнодействий, если только эти обряды не противоречат истине и учению католической веры и не препятствуют общению с римской церковью, – позволяем и разрешаем, несмотря ни на какие другие противоположные постановления и распоряжения апостольского престола». B память этого знаменательного события были выбиты из золота и серебра памятные медали с надписью «Ruthenis receptis». Изданная 23 февраля 1596 г. папская булла «Decet Romanum Pontificem», адресованная Митрополиту Киевскому, Галицкому и всея Руси Михаилу (Рогозе), не предусматривала автономии для Киевской митрополии, но гарантировала невмешательство светских властей в епископские назначения и уважение к восточной литургической традиции. Климент VIII дал разрешение ставить епископов и митрополита на месте, но каждый новый митрополит должен был обращаться в Рим за утверждением в сане. Таким образом, добиться какой-либо особой автономии для своей церкви епископам не удалось. Принятые в Риме решения положили начало неуклонному процессу ограничения автономии униатской церкви и сближению её внутренней жизни с порядками в других частях католического мира. При этом Римская курия не предприняла усилий для того, чтобы побудить польскую церковь согласиться на уравнение в правах католического и униатского духовенства. В то же время нарастающий конфликт с паствой уже не позволял отказаться от объединения с Римом, хотя и заставил некоторых его сторонников перейти в лагерь противников унии.