Особенно частыми стали злоупотребления правом патроната, доходившие до того, что церкви сдавались в аренду евреям, а те требовали платы за каждое богослужение. Центром борьбы за православие и против униатов стала Малороссия. На киевскую кафедру, которую занимал престарелый митрополит Исаия, король назначил нового митрополита – Петра Могилу. Тем временем преследование православных в Юго-Западной Руси продолжалось. По мере того как западнорусская православная знать ради карьеры и благополучия принимала католичество, а часть её владений вообще перешла в руки польской католической знати, на религиозно-политический конфликт наложился конфликт национальный, что вылилось в восстание гетмана Войска Запорожского Богдана Хмельницкого (1595/1596 – 1657 гг.), вследствие которого Польша лишилась Левобережной Украины. Однако на территориях, оставшихся в Речи Посполитой (на Правобережной Украине, в Белоруссии и Литве), давление на православных продолжалось и век спустя, и, когда уже ослабленная Речь Посполитая была разделена, России достались территории полностью униатские. В некоторых регионах (в основном в Подолье) благодаря так называемой «миссии Садковского», вернулось в православие более 2300 храмов. Однако в остальных районах, особенно в Белоруссии и на Волыни, уния пустила глубокие корни, а после издания Екатериной II (1762–1796 гг.) декрета о свободе религии, а также в связи с тем фактом, что украинцы и белорусы были в основном крепостными польских магнатов, о переходе назад в православие не было и речи. Многие в униатской церкви полагали, что её роль как временного моста при переходе из православия в католичество завершена. Большая же часть рядовых священников желала возвращения в православие; им противостоял епископат, который под давлением Рима начал переводить униатов в латинский обряд. В 1833 г. перешла в православие Почаевская лавра, а в феврале 1839 г. под руководством митрополита Иосифа Семашко (1798–1868 гг.) состоялся Полоцкий собор, на котором было принято решение о воссоединении униатов с Российской православной церковью. В составе СССР Греко-католическая церковь была ликвидирована по инициативе партийно-государственных властей на так называемом Львовском соборе (1946 г.). Униатская церковь была запрещена, но существовала нелегально, униаты преследовались, их храмы были переданы епархиям Московского патриархата (легализована в 1989 г.). С 1990 г. на западе Украины начался процесс возрождения Греко-католической церкви и возврат храмов, отобранных у греко-католиков в 1946 г. В то время как автокефальные православные церкви считают Брестскую унию формой расширения экспансии Ватикана на православный Восток, средством разобщения союза украинского и белорусского народов с русским народом, католическая церковь трактует унию как попытку и стремление восстановить единство разобщённых христианских церквей (см. Униатство).