Православное духовенство и дворянство пытались убедить правящие круги Речи Посполитой отказаться от такой политики, но безрезультатно – власть всё шире прибегала к мерам принуждения и всё чаще сталкивалась с вооружённым сопротивлением православных, особенно казачества. С 1597 г. развернулась острая религиозная полемика, которую начал иезуит Пётр Скарга, опубликовавший на русском и польском языках книгу «Synod Brzeski i iego obrona». Не находя поддержки у правительства, православные заключили в 1599 г. союз с протестантами для противодействия католикам и униатам. Против такого союза многие православные (например, князь Курбский) высказывались решительно, находя его неудобным в религиозном отношении. В том же 1599 г. умер первый униатский митрополит Михаил (Рогоза), человек вялый, уклончивый, нерешительный. Преемником ему был назначен Ипатий (Потий), полная противоположность Рогозе. Он энергично повёл дело распространения унии, тем более что на его стороне всецело была светская власть. Ипатий вёл борьбу с православными епископами и монастырями, отнимал у них имения, лишал лиц духовных их мест и замещал их униатами. Не один раз он делал попытку завладеть Киево-Печерской лаврой, но это ему не удалось благодаря энергичному сопротивлению архимандрита Никифора Тура. Упорную борьбу вели православные с униатами и за право владения Киево-Софийским собором. Успешнее была деятельность Потия в Вильне. Главным врагом униатов являлось здесь Троицкое братство. Потий вытеснил его из Троицкого монастыря и вместо православного основал униатское братство, поставив во главе его своего деятельного помощника, архимандрита Иосифа Вельямина Рутского – воспитанника иезуитов. Православное Троицкое братство переселилось в Святодуховский монастырь. В 1609 г. все церкви в Вильне, за исключением церкви Св. Духа, были отобраны в унию. Раздражение против Потия росло, и один из жителей Вильны предпринял покушение на его жизнь. Митрополит остался в живых, потеряв только два пальца на руке. Умный и сознательный творец и вождь унии, Митрополит Ипатий вполне разделял взгляды правительства на то, что для Польши достигнутая церковная уния есть только переходный этап. Идеал – не сохранение восточного стиля унии, а скорейшая латинизация, чтобы «хлопская вера» поскорее трансформировалась в «веру господскую», уподобилась католицизму и растворилась в нём. Для этого Ипатий поставил целью создание и организацию мощного органа перевоспитания старого духовенства. Копируя методы, оправдавшие себя победой над Реформацией (создание ордена иезуитов), он также создал в униатской церкви специальный (Базилианский) орден, поручив ему воспитание нового униатского пастырства. Главным монастырём ордена стал Виленский Троицкий монастырь, которому были подчинены все другие захваченные в унию русские монастыри. Орден возглавил протоархимандрит Иосиф Вельямин Рутский. Базилиане подчинялись непосредственно особому прокуратору в Риме, состоящему в Римской курии. Для усиления ордена в него направлялись католики, даже иезуиты. После смерти Ипатия Потия (1613 г.) четверть века униатскую церковь возглавлял митрополит Иосиф Вельямин Рутский. Именно Ипатий и Иосиф духовно сформировали и укрепили организм униатской церкви. Иосиф Рутский материально усилил, обогатил базилиан землями, отнятыми у православных монастырей и церквей. При нём в церквях стали уничтожать иконостасы, заводить органы. В 1617 г. Митрополит Иосиф Рутский созвал конгрегацию униатского монашества. Главной задачей базилиане объявили школьное воспитание униатской паствы, и в первую очередь – поднять образовательный уровень самих базилиан. По соглашению с папским центром, для этой цели выделялись стипендии в католических семинариях Вильны, Праги, Вены и Рима. Ещё одно постановление конгрегации сводилось, в сущности, к передаче ордену верховной власти, принадлежавшей русским униатским епископам. С тех пор митрополит не имел права назначать себе викария в качестве преемника без согласия ордена. При Иосифе Рутском в базилианский орден влились множество католиков, занимавшихся обучением многочисленной униатской молодёжи.