О том, какое впечатление сочинения Бортнянского производили на современников, лучше всего свидетельствует отзыв о них Ф.П. Львова, непосредственного преемника Бортнянского по управлению капеллой: «Все музыкальные сочинения Бортнянского весьма близко изображают слова и дух молитвы; при изображении молитвенных слов на языке гармонии, Бортнянский избегает таких сочетаний аккордов, которые, кроме разнообразной звучности, ничего не изображают, а употребляются лишь для показания тщетной учёности сочинителя: ни одной строгой фуги не допускает он в своих переложениях священных песнопений, и, следовательно, нигде не развлекает молящегося немыми звуками, и не предпочитает бездушное наслаждение звуками наслаждению сердца, внимающего пению говорящему. Бортнянский сливает хор в одно господствующее чувство, в одну господствующую мысль, и хотя передает то одним голосом, то другим, но заключает обыкновенно песнь свою общим единодушием в молитве». Произведения Бортнянского, отличаясь по складу общеевропейским характером, нашли себе благоприятную оценку и на Западе. Так Берлиоз, исполнивший с большим успехом в Париже одно из сочинений Бортнянского, писал о нашем композиторе следующее: «Все произведения Бортнянского проникнуты истинным религиозным чувством, нередко даже некоторым мистицизмом, который заставляет слушателя впадать в глубоко восторженное состояние; кроме того, у Бортнянского редкая опытность в группировке вокальных масс, громадное понимание оттенков, звучность гармонии, и, что удивительно, невероятная свобода расположения партий, презрение к правилам, установленным как его предшественниками, так и современниками, в особенности итальянцами, которых он считается учеником». Впрочем, преемники Бортнянского уже не были вполне удовлетворены его музыкой, особенно его переложениями древних напевов. Так А.Ф. Львов в своём сочинении «О свободном или несимметричном ритме» (СПб., 1858) упрекает Бортнянского в нарушении свойственных древнему русскому церковному пению законов просодии, и в искажении, ради требований современного симметричного ритма и современной гармонии, естественного ударения слов и даже мелодии. М.И. Глинка находил произведения Бортнянского слишком слащавыми и дал ему шутливое прозвище «Сахар Медович Патокин». Но при всех несомненных недостатках Бортнянского не следует забывать и о громадных заслугах его в деле упорядочения и улучшения русского церковного пения. Он сделал первые решительные шаги к освобождению его от иностранного светского влияния, внеся в него истинное религиозное чувство и простоту, и первый возбудил вопрос о восстановлении пения в истинно церковном и истинно народном духе. Из его произведений наибольшее значение имеют концерты, именно потому, что они, не входя в круг обязательных церковных песнопений, допускают большую свободу стиля, и их общеевропейский характер является здесь более уместным, чем в других песнопениях, предназначенных непосредственно для богослужения. Лучшими из них считаются «Гласом моим ко Господу», «Скажи ми Господи кончину мою» (по мнению П.И. Чайковского лучший из всех), «Вскую прискорбна еси душе моя», «Да воскреснет Бог», «Коль возлюбленна селения Твоя, Господи!» и др. Как человек, Бортнянский отличался нежным и отзывчивым характером, благодаря чему подчинённые ему певчие обожали его. Для своего времени он был очень образованным человеком и отличался развитым художественным вкусом не только в музыке, но и в других искусствах, особенно в живописи, страстным любителем которой он был до конца жизни. Он обладал прекрасной картинной галереей и был в приятельских отношениях со скульптором Мартосом, с которым познакомился во время пребывания в Италии.