На лжесоборе 1921 г. сообщалось, что в том году на Пасху приверженцы Липковского приходили к епископу Василию, и он принял их, христосовался с ними со слезами на глазах, однако негативного отношения к автокефалистскому движению не изменил. В ночь со среды на четверг на Страстной седмице 1923 г. как архиерей, не признавший ни самосвятской Украинской церкви, ни обновленческого Высшего церковного управления, он был арестован вместе с архиепископом Михаилом и епископом Димитрием, содержался в Бутырской тюрьме в Москве (12 апреля 1924 г. патриарх Тихон безрезультатно ходатайствовал о его освобождении). Епископ Василий был приговорён к ссылке, с мая 1923 г. по август 1924 г. находился в с. Ижма Коми (Зырян) автономной области. После окончания ссылки вернулся в Киев, был назначен епископом Прилукским. В 1925 г. возведён в сан архиепископа и награждён правом ношения креста на клобуке. В конце 1925 г. – начале 1926 г. был вновь назначен на Каневскую кафедру. 12 марта 1926 г. вместе с другими украинскими архиереями он выступил против григорианского раскола, подписав обращение к Заместителю Патриаршего Местоблюстителя митрополиту Сергию (Страгородскому; 1925–1944 гг.) с осуждением организаторов раскола. Скончался 10 марта 1933 г. в Киеве (по некоторым сведениям – от голода), был погребён в главном храме Киево-Братского монастыря; после его разрушения останки архиепископа Василия перенесли на Лукьяновское кладбище в Киеве. Он является одним из значительных представителей дореволюционной русской богословской науки. Основную часть его наследия составляют труды по изучению Священного Писания Нового Завета (магистерская и докторская диссертации), исследование Евангелия от Матфея, посвящённое экзегетическому разбору текста с восьмой главы, а также несколько десятков журнальных статей (в основном, в «Трудах Киевской Духовной Академии») и брошюр по различным проблемам изучения Нового Завета и толкованию отдельных новозаветных книг. Епископ Василий тщательно следил за развитием библейской науки на Западе, о чём свидетельствуют регулярно публиковавшиеся им «Экзегетические заметки». Но его современники отмечали, что он уделял излишнее внимание разбору гиперкритических гипотез западных библеистов, в том числе и не имевших серьёзного научного значения, зачастую в ущерб изложению собственных взглядов или церковного учения. Исследователи также отмечают, что в его работах анализ всегда преобладал над синтезом, и в полемике с западной наукой епископ Василий во многом оказывался зависимым от господствовавшей в ней проблематики. Тем не менее, в ходе полемики с западными библеистами проявился апологетический характер его трудов. Так, например, несмотря на указание 1 Кор. 5:9, Василий отрицал возможность того, что некоторые послания апостола Павла могли не сохраниться, на том основании, что это означало бы признать, что «некоторые писания Апостолов оказались бы бесполезными для жизни Церкви, или что последняя отнеслась к ним небрежно». Придерживаясь ранней датировки книги «Деяния святых апостолов» и доказывая историческую и литературную достоверность речей апостолов (Деян. 2 и сл.), он отвергал возможность использования её автором, евангелистом Лукой, письменных источников. Епископ Василий защищал тезис об аутентичности Послания к Евреям, при этом в решении вопроса об авторстве не основывал своих выводов на анализе языковых особенностей этого послания, его отличий от других посланий апостола Павла и специфических черт богословия этого текста.