В проекте нового устава академии, представленного Совету 14 января 1918 г., содержался пункт, предусматривавший разработку и последующее использование в учебном процессе украинской богословской терминологии. Ряд профессоров, не согласных с курсом на украинизацию духовных школ, вышли из преподавательской корпорации академии. Во время ожесточённых военных действий в районе Киева в январе 1918 г. занятия в академии не проводились; они возобновились после установления на Украине режима одного из лидеров украинской буржуазно-помещичьей контрреволюции 1917–1918 гг., генерала-лейтенанта гетмана Павла Петровича Скоропадского (1873–1945 гг.). В 1918 г. из-за переживаемых лишений епископ Василий болел, но продолжал руководить академией. Епископ Василий отказался от предложения националистически настроенной Всеукраинской православной церковной рады возглавить Киевскую митрополию вместо законного митрополита Киевского и Галицкого Владимира (Богоявленского), вскоре убитого; 29 января 1918 г. он участвовал в его отпевании в Софийском соборе Киева. Василий не участвовал в работе Поместного собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг., но принял участие во Всеукраинском церковном соборе, открывшемся в январе 1918 г. в Киеве, возглавил сформированную Собором Учебную комиссию. Однако из-за наступления большевиков на Киев Собор вскоре после открытия был вынужден прекратить заседания. 22 февраля того же года Патриарх Московский и всея России Тихон (Белавин; 1917–1925 гг.) принял решение о назначении епископа Василия управляющим делами Киевской митрополии, но тот отказался принять назначение. В мае вместе с другими архиереями он не поддержал предложение министра исповеданий гетманского правительства, философа, богослова и педагога Василия Васильевича Зеньковского (1881–1962 гг.) отложить выборы Киевского митрополита до Всеукраинского церковного Собора. 19 мая 1918 г. на Киевскую кафедру был избран Харьковский митрополит Антоний (Алексей Павлович Храповицкий; 1863–1936 гг.), а 2–3 июня того же года епископ Василий принял участие в совещании епископов, проведённом по инициативе В.В. Зеньковского, на котором высказался против созыва новой сессии Всеукраинского собора. Однако по настоянию гетмана П.П. Скоропадского летом 1918 г. Собор продолжил свою деятельность, и епископ Василий принял участие в его работе. Проблема финансирования деятельности Киевской духовной академии и других духовных школ заставляла его ориентироваться на Министерство исповеданий, что послужило причиной осложнения отношений с митрополитом Антонием. 16 августа 1918 г., несмотря на протесты митрополита Антония, гетман П.П. Скоропадский подписал новый Временный устав Киевской духовной академии, который предусматривал её автономию (свободные выборы ректора, профессоров и преподавателей), а также административную зависимость от Министерства исповеданий. По новому уставу в академии были введены обязательные курсы украинского языка, украинской литературы, права, истории Украины и Украинской церкви, предполагалось и открытие новых кафедр, однако из-за отсутствия средств эти нововведения не были полностью осуществлены. Также Министерство исповеданий предложило академии разработать программу теологических факультетов, которая была утверждена на Совете Киевской духовной академии 13 июля 1918 г., но на третьей сессии Всеукраинского собора митрополит Антоний в резкой форме выступил против нового устава академии и других инициатив Министерства исповеданий, в частности, против открытия богословских факультетов при университетах Украины. В 1918 г. по решению Всеукраинского собора епископ Василий был назначен председателем переводческого комитета при Киевской митрополии, организованного для работы над переводом Священного Писания и богослужебных текстов на украинский язык. Его работа в этой области не удовлетворила националистов, о чём свидетельствуют многочисленные упрёки участников так называемого «самосвятского» лжесобора 1921 г., адресованные архиерею и возглавляемому им комитету.