Объединение двух союзов в Союз евангельских христиан и баптистов (с 1 января 1946 Союз евангельских христиан-баптистов – ВСЕХБ) означало создание централизованной в масштабах всей страны многоступенчатой и разветвленной протестантской организации со штатом старших пресвитеров (вначале они назывались уполномоченными ВСЕХБ) и пресвитеров, управлявших общинами на местах. С 1945 г. начал издаваться ж. «Братский вестник». После постановления ЦК КПСС об усилении атеистической работы (1954 г.) половина существовавших поместных общин баптистов оказалась как бы вне закона и постоянно подвергалась преследованиям. Постепенно назревали и внутренние разногласия, т.к. ВСЕХБ стал довольно формальным объединением, включавшим кроме баптистов и евангельских христиан, христиан веры евангельской (пятидесятников); церкви «свободных христиан» (дарбистов) Закарпатья, которые не признавали ни крещения, ни хлебопреломления; евангельских христиан в духе апостолов, отрицавших догмат о Св. Троице; евангельских христиан-трезвенников и общины Союза церквей христовых из Западной Украины и Белоруссии, а с 1963 г. – меннонитов. В середине 50 гг. возникли так называемые чистые баптисты, которые выступили против соглашения 1944–1945 гг., отстаивая строгость баптистских традиций (возложение рук на крещаемых, «закрытое причащение» и т.д.). Аналогичные группы возникали и среди евангельских христиан, например, так называемые «евангельские христиане-совершенники» во главе с Корниенко. Но это были единичные случаи, как правило, не распространявшиеся за пределы одного региона. В конце 50 гг. КПСС, поставившая задачу быстрого перехода от социализма к коммунизму, в котором нет места религии, объявила курс на ликвидацию религиозных объединений и сокращение числа верующих. В 1959 г. на пленуме ВСЕХБ по «рекомендации» Совета по религиозным культам были приняты «Положение о Союзе ЕХБ в СССР» и «Инструктивное письмо старшим пресвитерам», где ограничивались права баптистских общин. Совет ВСЕХБ должен был оставаться постоянным, т.е. новые члены избирались только вместо выбывших; проведение съездов поместных общин не предусматривалось; богослужения не могли проводиться за пределами зарегистрированного молитвенного дома; запрещались декламация и хоровые выступления в сопровождении оркестра. Пресвитерам вменялось в обязанность сдерживать «нездоровые миссионерские проявления» и «изживать нездоровую практику погони за новыми членами», а также «строго соблюдать законодательство о культах». Предлагалось максимально ограничить крещение лиц в возрасте от 18 до 30 лет и не допускать на богослужение детей, а также призывов к покаянию. После того как эти документы были отправлены старшим пресвитерам, оказалось, что большинство общин с ними не согласны и восприняли их как отступление от заветов Христа. В августе 1961 г. группа служителей во главе с Г. Крючковым и А. Прокофьевым создали инициативную группу по подготовке и проведению Всесоюзного чрезвычайного съезда церкви ЕХБ, предлагали публично обсудить все спорные вопросы. 13 августа инициативная группа отправила письмо на имя Н.С. Хрущёва с просьбой разрешить проведение съезда, но получила отказ. В феврале 1962 г. инициативная группа была преобразована в Оргкомитет, который 23 июня того же года объявил отлученными от церкви руководителей ВСЕХБ, а те, в свою очередь, дали общинам указание отлучать «активно упорствующих». За 1960–1963 гг. было арестовано около 200 «инициативников», но движение продолжало развиваться, и к нему присоединялись новые баптистские общины. Власти, недовольные растущими волнениями среди баптистов, разрешили провести осенью 1963 г. съезд ВСЕХБ, который принял новый устав ЕХБ, но «инициативники» отказались принимать в нем участие, не считая его достаточно представительным. Около двух лет они пытались добиться от властей признания итогов этого съезда недействительными и созыва нового съезда, но, не найдя поддержки, создали Совет церквей евангельских христиан-баптистов (СЦ ЕХБ), куда вошли общины, не согласные с ВСЕХБ. Председателем Совета стал Г. Крючков, а секретарем – Г. Винс.