К 1936 г. почти все поместные общины были сняты с регистрации, молитвенные дома отобраны, а пресвитеры репрессированы. В то же время сокращение числа общин в районах традиционного распространения приводило к образованию в местах ссылки новых, чаще всего нелегальных. Например, в 1930 г. баптистская община в г. Фрунзе (ныне Бишкек) насчитывала 150 человек, а в 1933 г. – 1850 человек. В 1929 г. закрываются Библейские курсы и Федеративный Союз баптистов СССР. Вскоре он был восстановлен, но после ареста его руководителей в марте 1935 г. распался окончательно. Всесоюзный совет евангельских христиан, несмотря на периодические аресты руководства и перерывы в работе, продолжал свое существование. В мае 1942 г. был создан Временный совет евангельских христиан и баптистов, который обратился к верующим с призывом: «Пусть каждый брат и каждая сестра исполняет свой долг перед Богом и перед Родиной в суровые дни, которые мы переживаем. Будем мы, верующие, лучшими воинами на фронте и лучшими работниками в тылу! Любимая Родина должна остаться свободной». Баптисты собирали средства в пользу фронта, добровольно работали в госпиталях и приютах. В 1944 г., например, они пожертвовали на нужды страны 400 тыс. рублей. В мае 1942 г. М.И. Голяев и Н.А. Левинданто от имени баптистского братства обратились к ВСЕХ с предложением принять на себя опеку и заботу об общинах баптистов. В октябре 1944 г. на совещании представителей обеих церквей было принято решение об их объединении и урегулировании спорных вопросов. Еще в 1884 г. В.А. Пашков пытался «объединить всех верующих, чтобы они могли узнать друг друга и потом работать совместно». С тех пор эта тема возникала почти на каждом съезде, но вероучительные разногласия каждый раз препятствовали объединению. В 1885 г. обсуждался вопрос «о недопустимости введения открытого хлебопреломления и омовения ног в тех общинах, где это ранее не практиковалось», и было единогласно отказано евангельским христианам-захарьевцам проводить съезды совместно с баптистами. На съездах 1887–1888 гг. определили необходимость «в дальнейшем рукополагать пресвитеров, проповедников и диаконов», т.е. подтвердили практику частных баптистов. На баптистском съезде 1898 г. были приглашены пашковцы, и участники пришли к соглашению «о дальнейшей совместной работе для Царствия Божия». Наконец, в 1905 г., месяц спустя после манифеста о веротерпимости, состоялся Объединенный съезд баптистов и евангельских христиан, на котором было принято общее наименование «евангельские христиане-баптисты», но оно приживалось довольно медленно. На съезде баптистов в 1911 г. рассматривалось письмо евангельских христиан с предложением о сближении и объединении для совместной работы, а также о создании Соединительного комитета. Съезд решил относиться к евангельским христианам «по-братски», не навязывать им название «баптисты», не принимать отлученных евангельских христиан в свои общины, но предложение о создании Соединительного комитета отклонил. Объединительная деятельность, проводившаяся после 1917 г., не дала существенных результатов. На Шестом Всероссийском съезде евангельских христиан в Санкт-Петербурге (октябрь 1919 г.) было достигнуто соглашение с присутствовавшими на нем представителями баптистов об образовании Временного Всероссийского общего Совета евангельских христиан и баптистов, затем на заседании в январе 1920 г. было принято решение приложить все усилия для объединения евангельских христиан и баптистов в один союз. Устанавливалось, что крещение, хлебопреломление и бракосочетание у баптистов могут совершаться только рукоположенными пресвитерами, а у евангельских христиан – членом общины, признавалась одинаковая сила крещения с возложением рук и без оного, разламывание хлеба сначала на крупные куски, а потом на мелкие (как это было у баптистов) и сразу на мелкие (у евангельских христиан), были уравнены в правах отлучения той и другой церкви. В мае-июне 1920 г. состоялся объединенный съезд евангельских христиан и баптистов, на котором было принято решение о слиянии их в один союз. Но 4 июня, когда обсуждались технические вопросы слияния союзов, обнаружились серьезные разногласия, и процесс объединения остановили.