В Успенском храме, который отличался богатым убранством, находились особо почитаемые иконы святителя Николая «Можайского», святителя Николая с Житием, Богоматери «Одигитрия» и храмовый образ Успения в серебряном вызолоченном окладе, украшенном драгоценными камнями. Позже в Успенском храме появилась запрестольная Казанская иконы Божьей Матери – один из первых списков с чудотворного образа, явленного в 1579 г. В описи указаны земельные владения монастыря: Ефремовская пустошь и сельцо Труново, завещанные обители коломенским вотчинником Василием Ивановичем Наумовым. Согласно писцовой книге Коломны 1577/1578 г., в Брусенском монастыре было значительное по тем временам (65 томов) книжное собрание (правда, в нём было много дублетов – например, два годовых комплекта Служебных Миней и т.п.), в том числе пять древних пергаменных рукописей («Апостол опракос на хоратье», «Шестодневец с Минеею... на харатье в десть», «Лествица в полдесть на хоротье», «Шестодневец в десть на хоротье», «Псалтирь в четвертку на хоратье»), датируемых по писчему материалу не позднее второй четверти XV в. Исследователи полагают, что монастырь подвергся разорению в Смутное время (видимо, в эти годы погибло книжное собрание монастыря). В 1620 гг. он был возобновлён как особножительный девичий. По мнению исследователей, в том десятилетии в Брусенском монастыре была построена тёплая деревянная церковь во имя Иоанна Златоуста с трапезной. Успенский храм с северной и западной сторон был обнесён галереями (в западной, на первом этаже, была малая трапезная). В 1698 г. сгорели все монастырские здания, кроме Успенской церкви, к которой с юго-западной стороны вскоре была пристроена трапезная с приделом во имя Иоанна Златоуста. Осенью 1701 г. по указу царя Петра I монастырь был описан стольником Иваном Васильевичем Кикиным: в обители в то время жили игуменья Агафия, 25 сестёр, три белицы. Игуменьи и монахиням было приказано жить в монастыре «неисходно» и никого из других монастырей не принимать; мирян в Брусенский монастырь пускали лишь на богослужения. В начале 1725 г. было решено закрыть обитель, игуменью и часть сестёр перевели в тульский Успения Пресвятой Богородицы монастырь. Однако благодаря ходатайству оставшихся в обители монахинь и жителей Коломны указом Синода от 18 марта 1725 г. перевод был отменён, насельницы возвращены при условии, что горожане будут достаточно «довольствовать» обитель. В монастырской описи 1763 г. упомянут Успенский храм с приделом Иоанна Златоуста и «новостроящимся» приделом в честь Казанской иконы Божьей Матери (располагался на втором этаже). К 1763 г. в Брусенском монастыре была небольшая каменная однокомнатная келья настоятеля, остальные насельники жили в 26 деревянных кельях, построенных на собственные средства; свободные участки земли использовались под огород.