Купол и крыши капеллы и башни, витражи и ажурный орнамент стрельчатых окон были уничтожены городским пожаром 1656 г. и восстановлены во второй половине XVII в. (готический купол был заменён складчатым). В XVIII в. перестроили портал и одну из боковых капелл, остатки средневековых мозаик и фресок заштукатурили и покрыли барочными росписями. Во второй половине XIX в. внешний вид и внутреннее убранство капеллы реставрировали, вернув характерные черты готической постройки. Во время Второй мировой войны сильно пострадали витражи и резные оконные переплёты, со второй половины XX в. в капелле проводятся исследовательские и реставрационные работы. В Средние века в капелле было более десять алтарей, главный – в честь Богородицы. На втором ярусе в западной части находится так называемый трон Карла Великого (его первоначальное местоположение при Каролингах исследователям неизвестно), на который восходили германские правители при их коронации. Долгое время трон датировался первой третью X в., исследования доказали, что некоторые его деревянные части относятся к рубежу VIII–IX вв. Он находится на мраморном возвышении с шестью ступенями, как у трона царя Соломона, состоит из четырёх античных мраморных плит, которые раньше были частью напольного покрытия, привезённого, как предполагают исследователи, из Иерусалима. Эти плиты сами по себе почитались как реликвии. По традиции паломники должны были проползать под троном на четвереньках. Из многочисленных дарений германских королей и императоров наиболее значительными являются два больших романских реликвария, украшенных позолоченными серебряными фигурами, рельефами, эмалями и драгоценными камнями. Один из них был изготовлен для мощей императора Карла Великого (1165–1215 гг.) и подарен императором Фридрихом II (второй по величине романский реликварий после кёльнского). На боковых сторонах его изображены фигуры 16 королей, особо ревностных покровителей Ахена, на крышке восемь рельефов со сценами из жизни Карла Великого. Реликварий Девы Марии, где хранятся четыре «великие» ахенские святыни (1220–1238 гг.), украшен фигурами 12 апостолов, Христа, Богоматери, Карла Великого и папы Льва III, при котором Ахенская капелла была освящена. Исследователи также отмечают светильник в виде короны – дар Фридриха I, символизирующий, как и капелла, Небесный Иерусалим (позолоченная медь, 4, 2 м в диаметре, свисает с купола на 27-метровой железной цепи); золотую панель (Pala d'oro) с 17 рельефами (изображены Христос на троне, символы евангелистов, Богородица и архангел Михаил, цикл Страстей Христовых), подаренную Оттоном III, в настоящее время украшает переднюю часть главного алтаря (по преданию, изготовлена из золота, найденного в могиле Карла Великого при её вскрытии в 1000 г.); подаренную Генрихом II (1002–1024 гг.) кафедру (ambo) из позолоченного серебра с инкрустацией из драгоценных античных камей (в центре располагалась самая большая с имперским орлом; сейчас находится в Вене).