В 1386 г. Алексий вновь, на этот раз неудачно, выступил посредником при заключении с Москвой «мира по всей старине», заключённый договор не имел церковного аспекта, и конфликт из-за позывного суда был улажен только при митрополите Киприане. Алексия к тому времени уже не было в живых: в апреле 1388 г. он удалился в Деревяницкий монастырь, «изволив молчанное житие», где и скончался, погребён там же. При Алексии развернулась борьба с явившейся в Новгороде ересью стригольников. В период его святительства в Новгороде велось активное церковное строительство. Алексий был лично причастен к воздвижению церкви Рождества Христова на Владычне дворе (1362 г.), надвратной церкви Сретения в Антония Римлянина монастыре, Преображенского собора в Торжке (1364 г.), церквей святителя Николая на Лятке (1365 г.), Спаса Преображения на Ильине (1372 г.), великомученика Димитрия Солунского (1381 г.) и святителя Климента (1386 г.). По заказу Алексия в 1363 г. были начаты росписи в церкви Успения на Волотовом поле, существует предположение, что Алексий изображён на южной стене этого храма в ктиторской фреске, датируемой 1380 гг.: Новгородский архиепископ Моисей (строитель церкви) и Алексий, оба с нимбами, предстоят Богоматери, облачены в белые клобуки и крещатые фелони. Образ, написанный при жизни или вскоре после смерти Алексия, сохраняет достоверные черты его внешности. Описание облика Алексия, как и ряда других Новгородских иерархов, содержится в одной из дополнительных статей Строгановского иконописного подлинника (в перечне Новгородских архиепископов и епископов от Иоакима Корсунянина до Леонида): «А подобием впросед, брада Василия Кесарийскаго покороче, на концы вдвоём космачки, на главе клабук бел, ризы святительския» (Библиотека Академии Наук, конец XVIII в.); Алексий назван блаженным, день памяти не указан. Упоминается в Кайдаловских святцах (XVII в.).