В 1945 г. вместе с секретарём Митрополичьего совета протоиереем Иосифом Онисимовичем Дзвончиком Алексий был направлен на поместный Собор РПЦ в качестве представителя Митрополичьего округа, но из-за продолжавшихся военных действий они прибыли в Москву уже после окончания работы Собора. Однако Алексий и протоиерей Иосиф Дзвончин были приняты патриархом Алексием I (Симанским), беседовали с ним, встречались также и с духовенством московских приходов. Вскоре после приезда в США Алексий решил возвратиться в лоно РПЦ. Осенью 1945 г. патриарх Алексий I направил к митрополиту Феофилу для переговоров о восстановлении канонических отношений Митрополичьего округа в Северной Америке с РПЦ архиепископа Ярославского и Ростовского Алексия (Сергеева). Через архиепископа Алексия в январе 1946 г. Алексий послал обращение к патриарху Алексию I с прошением о принятии его в лоно РПЦ и о назначении на одну из епархий. Это обращение было поддержано митрополитом Алеутским и Североамериканским, Патриаршим экзархом Вениамином (Федченковым), который дал прекрасную характеристику Алексию: «Молитвенный, смиренный, дружественный, но и верный, твёрдый». 28 февраля митрополит Феофил исключил Алексия из списков архиереев Североамериканской митрополии. По приглашению Патриаршего экзарха митрополита Вениамина Алексий переехал в Нью-Йорк, поселившись при Свято-Николаевском соборе, в котором начал совершать богослужения. 9 мая приступил к исполнению обязанностей секретаря Митрополичьего совета и 16 мая – секретаря Совещания епископов. После возвращения в Россию в октябре 1946 г. Алексий был возведён в сан архиепископа патриархом Алексием I и назначен на Омскую и Тарскую кафедру, вскоре переименованную в Омскую и Тюменскую. Однако архипастырское служение Алексия на родине оказалось недолгим, вскоре он скончался. Отпевание при большом стечении верующих было совершено 15 сентября 1948 г. архиепископом Новосибирским и Барнаульским Варфоломеем (Городцовым).