В 2 часа ночи узников разбудили и приказали спуститься в полуподвальный этаж дома, где царская семья была расстреляна вооружёнными палачами из ЧК. Первыми были убиты государь и государыня, не увидевшие казни своих детей, которых добивали штыками. Отдельные останки царской семьи, найденные Н.А. Соколовым, были переданы в храм Иова Многострадального Русской православной церкви за границей, заложенный в Брюсселе 2 февраля 1936 г. и освящённый 1 октября 1950 г. в память императора Николая II, его семьи и всех новомучеников Российских. В этом храме в числе вещей, принадлежавших царской семье, хранится Библия, подаренная Алексею императрицей. В 1981 г. царская семья была канонизирована РПЦЗ. В 1991 г. под Екатеринбургом Свердловской областной прокуратурой было официально вскрыто захоронение, обнаруженное Гелием Трофимовичем Рябовым в 1979 г. по описанию в «Записке Якова Михайловича Юровского» и принятое им за могилу царской семьи. 19 августа 1993 г. Генеральной прокуратурой РФ было возбуждено следственное дело по расследованию убийства царской семьи и образована правительственная комиссия по идентификации и перезахоронению обнаруженных останков. Член правительственной комиссии митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков) сделал официальное заявление об итогах исследования «екатеринбургских останков»: «Полагаю, их нельзя принять с абсолютной достоверностью». 26 февраля 1998 г. состоялось заседание Священного Синода, в его определении говорится, что «Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике. Когда будут сняты все сомнения относительно «екатеринбургских останков», и исчезнут основания для смущения и противостояния в обществе, следует вернуться к окончательному решению вопроса о месте их захоронения». По решению властей перезахоронение останков было произведено 17 июля 1998 г. в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Синодальная Комиссия по канонизации святых под председательством митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия (Пояркова) нашла «возможным поставить вопрос о причислении к лику святых страстотерпцев... царевича Алексия». Постановлением Священного Синода от 10 октября 1996 г. и определением архиерейского Собора РПЦ 18–22 февраля 1997 г. данная позиция была одобрена. Канонизация Алексея состоялась на архиерейском Соборе РПЦ 2000 г.  3 сентября 2000 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил храм-памятник «на крови» во имя Всех святых, в земле Российской просиявших, который строится на месте, где стоял дом Н.Н. Ипатьева, отслужил молебен и поместил в специальную нишу фундамента храма закладную грамоту.