В Греции в результате нашествия готов были разрушены города, где существовали наиболее значительные языческие культы, – Элевсин, Олимпия (396 г.). Афинская школа платонизма оставалась центром языческой культуры. В 401 г. епископ Порфирий Газский, воспользовавшись прибытием в Палестину императрицы Евдоксии, добился закрытия знаменитого святилища бога Марны. В Газу были посланы войска, языческие храмы были разрушены, а на месте Марниона была воздвигнута церковь, расходы на строительство которой взяла на себя Евдоксия. Местная община христиан составляла тогда не более 280 человек. В это же время Иоанн Златоуст направил в Финикию монахов, которые предали разрушению языческие храмы в Сидоне и Библе, несмотря на протесты жителей. Сам Аркадий и богатые люди империи начали возводить на свои средства величественные христианские храмы. Аркадий построил в Константинополе церковь св. Иоанна; в египетской пустыне, в окрестностях Мареотиды, воздвиг в честь св. Мины базилику, руины которой были обнаружены в начале XX в. Руфин, которому принадлежал дворец в предместье Халкидона, построил здесь храм и монастырь в честь святых апостолов, куда были перевезены из Рима многочисленные реликвии, призваны египетские монахи. Перенесения мощей тех или иных святых в Константинополь и его окрестности, представлявшие собой грандиозные церемонии с участием императора и двора, стали важной частью общественной жизни столицы. Так, в 398 г. Иоанн Златоуст присутствовал при перенесении мощей св. Фоки, в 406 г. состоялось перенесение мощей пророка Самуила. Среди инициатив по распространению христианства за пределы империи в эпоху Аркадия была миссия Маруты, епископа Майферкатского (Мартиропольского), проповедовавшего в Месопотамии, принадлежавшей Сасанидскому Ирану. По поручению Аркадия он прибыл ко двору шаханшаха Йездигерда I, у которого добился такого доверия, что смог восстановить Персидскую церковь, почти уничтоженную в гонения при Шапуре II. Марута собрал мощи многочисленных мучеников в своём Майферкате, названном им «городом мучеников». В отношениях двора с Иоанном Златоустом произошёл разлад, поскольку святитель, обличавший нравы знати, задевал юную императрицу, вызывал недовольство столичных клириков и зависть Александрийского патриарха Феофила I. Аркадий не препятствовал осуждению и низложению Иоанна с Константинопольской кафедры, утвердив решения Собора «У Дуба», созванного по инициативе императрицы Евдоксии и возглавленного Феофилом Александрийским (403 г.). После происшедшего из-за удаления Иоанна народного возмущения Аркадий был вынужден пригласить его обратно в столицу, однако вскоре Иоанн вновь оказался в ссоре с двором и был осуждён новым Собором. 20 июня 404 г. Иоанн добровольно предался властям и был отправлен в ссылку. Епископом Константинополя стал Арсакий. Приверженцы Иоанна не признали его, и против них власти проводили репрессивные меры, несмотря на то, что императрица Евдоксия вскоре умерла. Древние календари Иерусалимской церкви и вслед за ними грузинские и армянские литургические памятники включают Аркадия в число святых и отмечают его память 27 августа.