Определением Синода от 11–14 октября 1908 г. (указ от 14 октября) Алексий был уволен из миссии с возвращением в распоряжение Вологодского архиерея и 8 ноября уехал в Россию. Определением Синода от 22 января – 24 февраля 1909 г. Алексий был перемещён в Яблочинский монастырь, где жил с середины марта до середины октября 1909 г. В июле 1909 г. в Учебный комитет при Синоде поступило ходатайство архиепископа Холмского Евлогия (Георгиевского) о предоставлении Алексию места в духовно-учебной службе. Определением Синода от 10–15 октября 1909 г. Алексий был назначен преподавателем обличительного богословия, истории и обличения старообрядчества и сектантства Томской духовной семинарии, 28 июля 1911 г. – смотрителем Лысковского духовного училища. По мнению исследователей, имеющиеся в печати сведения о назначении Алексия в 1912 г. благочинным уездных монастырей Московской епархии не подтверждаются архивными документами. 29 мая 1913 г. Алексий был назначен настоятелем коломенского Старо-Голутвина монастыря в честь Богоявления Господня в сане архимандрита, с 9 июля 1913 г. по 7 января 1914 г. исполнял обязанности смотрителя Коломенского духовного училища, 3–12 марта 1916 г. назначен инспектором Вифанской духовной семинарии, 26 сентября 1916 г. – вновь настоятелем коломенского Богоявленского монастыря. В 1913 г. представил в Санкт-Петербургскую духовную академию на соискание степени магистра богословия сочинение «Юродство и столпничество: Религиозно-психологическое исследование» (СПб., 1913 г.), удостоенное искомой степени по отзывам профессора Александра Александровича Бронзова и Николая Ивановича Сагарды. 26 декабря 1916 г. Алексий был хиротонисан во епископа Дмитровского, викария Московской епархии. С 20 марта 1917 г. – епископ Сарапульский, викарий Вятской епархии; с 5 сентября 1918 г. – епископ Слободской, викарий Вятской епархии, и настоятель Слободского Крестовоздвиженского монастыря. 11 ноября 1918 г. назначен временно управляющим Вятской епархии, 20 мая 1919 г. – епископом Сарапульским и Елабужским. В сентябре 1919 г. в Сарапуле был арестован, но затем освобождён без предъявления обвинения. В 1924 г. Алексий был вновь арестован и выслан из Сарапула в административном порядке. В 1925 г. арестован и приговорён к шести месяцам заключения в исправительно-трудовых лагерях. После освобождения в 1927 г. возведён в сан архиепископа. В декабре 1928 г. арестован в Сарапуле, после полутора месяцев заключения сумел доказать свою невиновность и был освобождён. В декабре 1931 г. назначен временно управляющим Свердловской епархией. 9 февраля 1932 г. арестован и обвинён в том, что «создал контрреволюционную организацию из священнослужителей, монашествующих и кулаков», приговорён к трём годам заключения в концлагерь, которые отбывал на строительстве Беломоро-Балтийского канала. В 1933 г. освобождён. По сведениям митрополита Мануила (Лемешевского, не подтверждённым архивными документами), с 22 ноября 1933 г. Алексий занимал Пензенскую кафедру, а с 27 марта 1934 г. – Тобольскую. В 1935 г. Алексий был назначен архиепископом Сарапульским и Елабужским. До своего последнего ареста 18 декабря 1937 г. жил и служил в Сарапуле. Будучи арестован, виновным себя не признал и не подписал фальсифицированные протоколы допросов. Расстрелян по приговору тройки НКВД Удмуртской АССР от 15 ноября 1938 г.