События последних лет жизни Александра Диакона связаны с его вынужденной полемикой с игуменом переславль-залесского Никольского монастыря (с 1719 г. – епископом Нижегородским) Питиримом (Потёмкиным). 1 января 1716 г. Питирим послал диаконовцам 130 вопросов и потребовал на них ответа с объяснением, почему диаконовцы отделились от церкви. Стараясь отсрочить подачу ответов, диаконовцы, в свою очередь, послали 16 августа того же года Питириму 240 вопросов, в которых старались показать противоречивость церковной реформы. Александр Диакон вступил с Питиримом в переписку, которая продолжалась почти три года. В конце сентября 1719 г. «Диаконовские ответы» были поданы Питириму, и 1 октября этого же года в селе Пафнутове Дрюковской волости Балахнинского уезда состоялось «публичное разглагольство», которое закончилось победой миссионера. В конце «разглагольства» Питирим передал диаконовцам ответы на их 240 вопросов, диаконовцы вручили Питириму «Доношение», подписанное Александром Диаконом, старцами Иосифом, Нафанаилом и Варсонофием, в котором отказывались от своих взглядов, выраженных в «Диаконовских ответах», и просили о присоединении их к православной церкви. Обстоятельства появления «Доношения» впоследствии объяснил сам Александр Диакон. Вскоре после его подачи он, мучимый совестью, уехал в Санкт-Петербург и подал на имя Петра I «Прошение» (18 февраля 1720 г.), в котором сообщал, что «Доношение» было написано Питиримом, и он велел диаконовцам «переписать набело и, приложа руки, подать перед народом... И мы, убогия, во узах истомленныя, убоявся от него, епископа, больших мук... руки своя приложили не правильно». Уезжая в столицу и зная, что едет на верную гибель, Александр Диакон оставил в скитах «Исповедание веры», в котором сказано, что Питирим перед «разглагольством» держал Александра Диакона и его сподвижников в заключении «под великим страхом и за крепким караулом», что «Диаконовские ответы» были поданы Питириму ещё в заключении и в это же время он вынудил старообрядцев подписать «Доношение». При подаче «Прошения» Петру I Александр Диакон был арестован по обвинению в том, что «Прошение» было составлено им единолично, без совета скита. В течение двух недель его пытали и требовали назвать сообщников, но он никого не выдал. 4 марта 1720 г. Александр Диакон был отправлен в Нижний Новгород, где 21 марта за клятвопреступление был казнён: ему отрубили голову, останки сожгли, пепел бросили в Волгу (о его казни сообщает предисловие к одному из списков «Диаконовских ответов», созданному на Керженце в 1722–1723 гг.).