Крупнейшим лагерем архангельского Севера был Соловецкий (1923–1933 гг., в 1933–1937 гг. – Соловецкое отделение Беломоро-Балтийского исправительно-трудового лагеря), в котором к 1 января 1931 г. содержались 71 800 человек. В заключении в Соловецком лагере были архиепископ Александр (Толстопятов), архиепископ Алексий (Палицын), епископ Амвросий (Либин), епископ Амвросий (Полянский), епископ Амфилохий (Скворцов), митрополит Анатолий (Грисюк), епископ Афанасий (Сахаров), архиепископ Борис (Шипулин), епископ Василий (Беляев), епископ Василий (Зеленцов), архиепископ Венедикт (Плотников), епископ Вениамин (Милов), епископ Виктор (Островидов), епископ Гавриил (Абалымов), епископ Дамаскин (Цедрик), архиепископ Захария (Лобов), епископ Игнатий (Садковский), архиепископ Иларион (Троицкий), архиепископ Корнилий (Соболев), епископ Максим (Жижиленко), архиепископ Пахомий (Кедров), архиепископ Прокопий (Титов), митрополит Серафим (Мещеряков), священник Павел Флоренский и др. В Архангельске и Северном крае в ссылке находились архиепископ Аверкий (Кедров), епископ Герман (Ряшенцев; после заключения на Соловках), митрополит Серафим (Чичагов), многочисленные представители белого духовенства. В 1930 г. в Котлас из Усть-Сысольска было переведено Управление северных лагерей особого назначения (УСЕВЛОН), организованное 28 июня 1929 г. и ликвидированное в июне 1930 г. (численность заключённых в УСЕВЛОН на 1 января 1930 г. составляла 20 276 человек). Труд заключённых, в основном, применялся в районе Северной Двины и на строительстве железной дороги Вятка-Котлас. В 1937 г. был организован Каргопольский лесозаготовительный лагерь, в 1938 г. – Архангельский промышленный. Множество заключённых прошло через Котласский пересыльный пункт. В 1944–1995 гг. территория Архангельской епархии находилась в границах Архангельской и Мурманской областей и Коми АССР. К весне 1944 г. в епархии действовали 35 храмов, в 1955 г. – 31 (в Архангельской области – 26, в Мурманской области – 4, в Коми АССР – 1), в 1987 г. – 21 (в Архангельской области – 15, в Мурманской области – 2, в Коми АССР – 4), в 1995 г. – 114 храмов. В 1955 г. в клире епархии состоял 41 священник, 5 диаконов, в 1987 г. – 30 священников, 8 диаконов, в 1995 г. – 93 священнослужителя. В 1960–1970 гг., несмотря на активную антирелигиозную политику властей (в Мурманской области в 1960 г. было закрыто два храма из четырёх, власти запретили крестить детей), процент православного населения оставался высоким. В 1961 г. в Котласском районе крещение в православных храмах приняли 51,5% новорождённых, в Сольвычегодске за 1964 г. количество крещений возросло на 30%, за 1970 г. в Архангельской области число треб возросло в городских храмах на 2%, в сельских – на 24%. Активное возрождение церковной жизни в епархии началось в конце 1980 – начале 1990 гг. Трудами епископа Исидора (Кириченко), а затем его преемника епископа Пантелеимона (Долганова) были созданы православные общины в Архангельске, Северодвинске, Новодвинске, Котласе, Коряжме, Вельске, Красноборске, Сольвычегодске, Онеге, Каргополе, Шенкурске, Няндоме, Плесецке, Коноше, на Соловецких островах и во многих посёлках. В 1988 г. в епархии прошли торжества в честь 1000-летия Крещения Руси.