Подпись архиепископа Алании Пахомия стоит под эдиктом Константинопольского собора, утвердившего патриаршество в России (май 1590 г.). Позднее территория бывшей Аланской епархии на Северном Кавказе фактически перешла в юрисдикцию РПЦ, входя в разное время в состав Астраханской, Донской, Кавказской, а в настоящее время Ставропольской епархий. В Аланской епархии, управление которой осуществлялось из весьма отдалённых центров – Константинополя, а позже Трапезунда, сохранялись пережитки древних языческих верований, в регион также проникали иные конфессиональные и культурные влияния: со стороны Западной Грузии в XII–XIII вв., генуэзцев в XIV в. и проч. В XIV–XV вв., после военных монголо-татарских экспедиций и опустошительных походов Тамерлана, этнополитическая карта Северного Кавказа кардинально изменилась. Новые адыго- и тюркоязычные народы переместились в разорённые районы, и, отчасти вытеснив алан или смешавшись с ними, принесли свои обычаи и верования, а в XVIII в. приняли мусульманство. Историк Василий Никитич Татищев в середине XVIII в. упоминал о «запустелых церквах» в верховьях Кубани и «хранимых там доднесь греческих книгах». Зарубежные и русские экспедиции, научные и военные, проникая в высокогорные районы Кавказа на рубеже XVIII–XIX вв., обнаруживали руины древних христианских святынь. В конце XIX в. РПЦ взяла на себя инициативу восстановления христианства на территории бывшей Аланской епархии. В 1889 г. в долине реки Большой Зеленчук, на месте исторической резиденции аланских митрополитов, был открыт Александро-Афонский Зеленчукский мужской монастырь; в 1890 гг. – принадлежавший ему Георгиевский скит на горе Шоана (выше аула Хумара, в окрестностях города Карачаевска); в 1896 г. – Спасо-Преображенский женский Сентинский монастырь в Тебердинском ущелье. В 1930 гг. монастыри были упразднены, а храмы разорены и заброшены. В настоящее время вновь созданы благоприятные условия к возрождению уникальных святынь, возникших на десятилетия раньше первых христианских храмов Киевской Руси. Ареал распространения восточнохристианских церковно-археологических древностей на Северном Кавказе примерно соответствует границам бывшей Аланской епархии. Исследователи не исключают возможности отнесения некоторых памятников христианской древности к периоду VI–IX вв., поскольку уже тогда предпринимались попытки христианизации алан.