После кончины игуменьи Иоанны (Макаровой) в 1918 (1919?) г. настоятельницей Аносина Борисоглебского монастыря была назначена игуменья Алипия (Таишева). Несмотря на тяжёлые налоги и притеснения со стороны властей, монастырь не закрывался до 1928 г., став крупнейшим духовным центром Подмосковья. Обитель посещали Пётр (Полянский), архиепископ Гурий (Степанов), епископ Варфоломей (Ремов), Серафим (Звездинский), схиигуменья Фамарь (Марджанова), Алексий (Соловьёв), схиигумен Герман (Гомзин) и другие подвижники XX в. В Аносин Борисоглебский монастырь переходили многие насельницы разорённых обителей, в середине 1920 гг. в монастыре жили около 130 сестёр. Весной 1928 г. Аносин Борисоглебский монастырь получил статус трудовой артели, в июле того же года был закрыт. На основе монастырского хозяйства, считавшегося образцовым, был создан колхоз «Россия». Всё имущество, архив и библиотеку обители вывезли в музей Новоиерусалимского монастыря, бóльшую часть икон сожгли в специальных баках с кислотой для получения золота. 7 июля 1928 г. игуменья Алипия вместе с двумя священниками и несколькими насельницами была арестована и увезена в Москву, затем отправлена в ссылку; остальным сёстрам приказали в течение трёх дней покинуть обитель. После возвращения из ссылки игуменья Алипия некоторое время жила в Москве, затем переехала на дачу давних благотворителей монастыря Лобовых близ Кубинки под Москвой, скончалась 18 марта 1942 г., приняв схиму с именем Евгения. После Великой Отечественной войны оставшиеся в живых насельницы Аносина Борисоглебского монастыря духовно окормлялись у протоиерея Сергия Орлова (впоследствии иеромонах Серафим), настоятеля Покровского храма в селе Акулове Можайского района Московской области. К началу 1990 гг. территорию Аносина Борисоглебского монастыря занимала Истринская машинно-тракторная станция, в храме Димитрия Ростовского находился цементный склад, в больничном корпусе – колхозный клуб. В 1992 г. по просьбе бывшей послушницы Аносина Борисоглебского монастыря схимницы Анны (Тепляковой) Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил восстановление Аносина Борисоглебского монастыря. Из рижского Сергиева женского монастыря были направлены четыре монахини. На Рождество Христово 1993 г. были совершены первое всенощное бдение и литургия в восстановленном и освященном храме Димитрия Ростовского, велись реставрационные работы в Троицком храме и в других сохранившихся постройках. С 1993 г. обитель имела статус Патриаршего подворья, определением Священного Синода от 29 декабря 1999 г. Патриаршее подворье в деревне Аносино преобразовано в ставропигиальный женский монастырь. В 2001 г. в Аносином Борисоглебском монастыре жили 20 сестёр, настоятельница – монахиня Варахиила (Бучельникова).