В конце 1927 г., после публикации «Декларации» митрополита Сергия (Страгородского) и Временного Патриаршего Священного Синода, один из священников Полтавской епархии обратился к Аркадию с письмом, в котором заявил, что из-за «Декларации» отказывается от подчинения как ему, так и митрополиту Сергию. В ответе Аркадий убеждал своего корреспондента в ошибочности его взглядов. Священник частично переделал письмо Аркадия и распространил его как послание епископа к православной пастве вообще и к верующим Полтавы в частности. Послание стало широко известно на Украине, а затем и в России. Поскольку Аркадий не мог получить места служения в какой-либо епархии без предварительного согласования с властями, он решил ехать в Москву и лично встретиться с начальником шестого отдела ОГПУ Евгением Александровичем Тучковым. 9 мая 1928 г. Аркадий был там задержан. Заместитель председателя ОГПУ Генрих Григорьевич Ягода (Енох Гершевич Иегуда), рассматривавший дело Аркадия, выписал ордер на его арест, поводом для которого послужило вышеназванное письмо. 14 июля следствие было закончено, в обвинительном заключении о послании Аркадия, названном «антисоветским документом», говорилось: «Документ указывал на то, что церковь подвергается гонениям за веру со стороны советской власти, что советская власть является “гонителем и врагом” церкви... Послание предлагает взять пример с мучеников, которые “умирали за свободу церкви, за её священные предания и даже за книги и сосуды”. Призывает церковь отказаться от выказывания всяких внешних знаков подчинения советской власти, а народу предлагает поддерживать стойкость и мужество попов заботой об их семьях и в случае надобности подталкивать попов на активность». Аркадий признал, что послание написано им, назвать адресата письма отказался. Постановлением коллегии ОГПУ от 23 июля 1928 г. он был приговорён к заключению в концлагере на пять лет, 27 июля отправлен с партией заключённых в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), куда прибыл 12 августа. Определён в 11-ю роту на самую тяжёлую работу, 10 сентября переведён в 12-ю роту и назначен сторожем, 16 сентября переведен в 6-ю роту, 9 мая 1929 г. снова отправлен на общие работы, в июне переведён на общие работы на Троицкую командировку на острове Анзер, в октябре 1930 г. назначен сторожем во 2-ю роту в посёлке Савватиево. В лагере Аркадий не только сам раздавал всё, что получал от своих духовных детей, но и старался организовать духовную и материальную взаимную поддержку среди заключённого духовенства. Посещал богослужения, совершавшиеся вольными монахами упразднённого Соловецкого монастыря сначала в церкви Онуфрия, после закрытия церкви – в часовне близ пристани. По доносу Аркадий был вновь арестован, обвинён в контрреволюционной агитации, выразившейся в организации помощи заключённому духовенству, и приговорён к пяти годам заключения в исправительно-трудовых лагерях; в качестве наказания епископа перевели на некоторое время на Секирную гору. В последующие годы, вплоть до своего освобождения, Аркадий не переставал поддерживать священнослужителей, находившихся в лагере. В начале 1937 г. Аркадий был освобождён, приехал в Москву, затем поселился в Калуге, был назначен епископом Бежецким, викарием Калининской епархии, но к исполнению обязанностей приступить не смог. В Калуге поддерживал дружеские отношения с архиепископом Калужским Августином (Беляевым). 22 сентября 1937 г. Аркадий был арестован, обвинён в контрреволюционной деятельности и заключён в Бутырскую тюрьму в Москве. Виновным себя не признал. Расстрелян по приговору тройки НКВД от 7 декабря 1937 г. Реабилитирован в 1989 г. Прославлен Архиерейским Собором РПЦ 2000 г.