Настоятели жаловались царю на грабежи, посягательства на монастырское имущество со стороны рабочих и стрельцов, сообщали о случаях, когда приказчики выгоняли монахов из келий и селились в них со своими семьями, на территории монастыря устраивались питейные заведения. Ходатайство игумена Евфимия (1585–1589 гг.) о перенесении монастыря за городскую черту осталось без ответа. 15 июля 1636 г. постройки Архангельского монастыря были уничтожены пожаром, после которого, как сообщал иеромонах Матфей в челобитной царю Михаилу Фёдоровичу, 49 насельников монастыря скитались «от хлебной скудости по миру». Грамотой от 6 февраля 1637 г. царь повелел отстроить монастырь на новом месте, на горе Кузнечихе. Челобитной от 15 марта этого же года игумен монастыря испросил у Новгородского святителя Аффония благословение на возведение в отведённом месте двух храмов: Покровской церкви с трапезной и собора во имя архангела Михаила с приделом мученика Мины. Однако начатое строительство встретило сопротивление со стороны крестьян, занимавшихся на этом месте торговлей лесом, вследствие чего в 1641 г. началось возобновление монастыря на другом месте – на окраине города, в Нячерах (современная ул. Урицкого). К 1642 г. была сооружена Покровская церковь. Благодаря грамоте царя Михаила Фёдоровича, «ради монастырского строения» освобождавшей обитель от пошлины на перевозку 7 тыс. пудов соли для продажи, на полученные доходы в 1644 г. был возведён собор архангела Михаила. В 1642 г. царь также пожаловал в обитель продовольствие на 240 руб. и 200 четвертей хлеба, Архангельский монастырь получил в оброк сенные покосы и рыбные тони в Берёзовском устье, на Летнем и Поморском берегах. На месте сгоревшего монастыря был построен храм в честь Происхождения Креста Господня с приделом архангела Михаила. В 1683 г. Михаило-Архангельский собор Архангельского монастыря имел северный придел во имя святых Бориса и Глеба и южный придел во имя мученика Мины, к югу от собора незадолго до 1684 г. была срублена тёплая Покровская церковь с трапезной и келарской. Между храмами находилась колокольня, внутри ограды располагались две игуменские кельи, восемь братских келий, хлебная, поварня, кузница, амбары для соли, амбары для рыбы, квасной погреб. За оградой находились хозяйственные постройки: квасная поварня, мельница, служебная келья, конюшенный и коровий дворы, пашни. Близ монастыря были расположены пристань для судов и рыболовные тони. В 1685–1689 гг. на месте деревянного собора М.А. Лохоцким был сооружён каменный; освящён 17 сентября 1699 г. архиепископом Холмогорским Афанасием (Любимовым). Пожертвования на строительство собирали в Архангельске и Москве, в числе жертвователей были цари Пётр и Иоанн. В начале XVIII в. была перестроена ограда монастыря, на Святых вратах построили деревянную церковь в честь Грузинской иконы Божьей Матери. В 1712 г. на первом этаже Михаило-Архангельского собора была устроена Покровская церковь с приделом мученика Мины, в 1744 г. над западным нижним крыльцом собора вместо ветхой деревянной выстроили каменную шатровую колокольню.