Епархиальный съезд, проходивший в Казани 18–26 августа 1915 г., обязал всё духовенство епархии делать ежемесячные взносы для оказания помощи беженцам. 28 октября 1915 г. Казанскую духовную академию посетила великая княгиня Елизавета Фёдоровна, приехавшая в Казань на погребение схиархимандрита Гавриила (Зырянова), в отпевании которого участвовал Анатолий. После издания советской властью в январе 1918 г. декрета «Об отделения церкви от государства и школы от церкви» в России были закрыты почти все старые духовные учебные заведения, Анатолию удалось на некоторое время сохранить Казанскую духовную академию и её преподавательский состав. Осенью 1918 г. Высшее Церковное Управление при Патриархе Московском и всея России Тихоне посоветовало Анатолию воспользоваться тем, что советское правительство дозволило «обучаться религии» частным образом. Заведующий Казанским губернским отделом народного образования согласился с существованием частного духовного учебного заведения, Анатолию были выданы государственный штамп и печать. Поскольку здание академии было отобрано, лекции читались на дому у профессоров, совет Казанской духовной академии собирался на квартире ректора. Содержалась академия сначала на собственные средства, затем на церковные пожертвования и на отчисления Высшего Церковного Совета. Анатолий вёл регулярную переписку с патриархом Тихоном, испрашивал его благословение на те или иные действия по академии, ставил патриарха в известность обо всём в ней происходившем. К 1921 г. ВЧК удалось установить контроль над перепиской Тихона, в марте 1921 г. в ЧК попали письма Анатолия, касающиеся деятельности Казанской духовной академии. Ознакомившись с ними, заместитель председателя вместе с юрисконсультом ВЧК направил записку начальнику восьмого отдела Наркомюста Петру Ананьевичу Красикову, в которой сообщалось: «Из переписки епископа Анатолия на имя патриарха Тихона усматривается, что в Казани до сих пор существует духовная академия, подчиняющаяся идейным и служебным директивам патриарха... мы полагаем, что наличность в Казани подобного очага мракобесия, руководимого духовно-административным центром... нежелательна. Просим вас принять меры к пресечению дальнейшей деятельности указанного учреждения». 26 марта Анатолий был арестован. После допросов ректора и профессоров выяснилось, что академия существует, идут занятия и лекции, проводится набор учащихся, преподаватели получают денежное вознаграждение, регулярно в квартире епископа собирается совет академии, который обсуждает вопросы о назначении профессоров, об отпуске и увольнении их, о приёме и увольнении студентов, о порядке и системе занятий и т.п.