В 1918 г. Алексий уехал в Екатеринослав (Днепропетровск), затем в Киев, где выступил против митрополита Владимира (Богоявленского), поддерживая местных автокефалистов. Ранее, летом 1917 г., в Киеве было создано братство «Воскресение». Вскоре при поддержке Центральной рады братство было преобразовано во Всеукраинскую церковную раду, которую возглавил Алексий, хотя до февраля 1918 г. в своих проповедях он защищал единство и целостность Российской империи и даже имел репутацию черносотенца. Назначенные Церковной радой епархиальные комиссары требовали, чтобы в храмах вместо Московского патриарха Тихона (Белавина) поминалась Церковная рада во главе с Алексием. После приезда в Киев с Поместного Собора Русской православной церкви 1917–19188 гг. митрополита Владимира Алексий, самовольно водворившийся в лавре по соседству с митрополитом, настраивал братию против своего архипастыря и священноархимандрита. Когда для подготовки к созыву Всеукраинского церковного Собора в Киев прибыли митрополит Платон (Рождественский), митрополит Антоний (Храповицкий), архиепископ Евлогий (Георгиевский), Владимир (Богоявленский) просил их вразумить Алексия, но тот продолжал свою раскольническую деятельность. На Соборе, который открылся 7 января 1918 г. в Киеве, он вместе со священником Александром Марычевым возглавил группу автокефалистов. На Алексии лежит доля вины за гибель митрополита Владимира, против которого он сумел настроить значительную часть лаврских насельников. После убиения митрополита Владимира (Богоявленского) Алексий был запрещён в служении. Оказавшись впоследствии на территории, занятой Добровольческой армией, Алексий принёс покаяние в содеянных преступлениях и вскоре скончался в Новороссийске. Отпевал его архиепископ Евлогий (Георгиевский), который в своих воспоминаниях дал ему в целом негативную характеристику. Алексий известен также как плодовитый духовный писатель и автор духовной музыки. Его сочинения дилетантского характера исполнялись архиерейским хором во Владимире под управлением Александра Евгеньевича Ставровского, а одно из них – «Да исправится молитва моя» (для трёхголосного мужского хора) – было издано в Казани в 1911 г.