14 октября 1941 г. Александр обратился к причтам Таллиннской и Нарвской епархий с циркулярным письмом, в котором говорилось: «Со стороны властей я признан единственным ответственным главою Эстонской Православной Церкви, на каковую должность я избран и рукоположён в 1920 г. Все приходы и церковные учреждения, входящие в состав Эстонской Православной Церкви до захвата власти большевиками, т.е. до 21 июня 1940 года, а также их деятели и члены, обязаны точно, строго и беспрекословно исполнять мои распоряжения и указы. Деятельность Церкви и приходов будет продолжаться согласно соответственным государственным законам, общецерковным установлениям и Уставу Эстонской Православной Церкви, каковой устав был в силе до 21 июня 1940 г. и до сего времени не отменён и не изменён». В том же письме Александр известил свою паству о прекращении им поминовения за богослужением Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) и Патриаршего экзарха Латвии и Эстонии митрополита Сергия (Воскресенского). Указом от 5 ноября 1942 г. за разрыв канонических отношений с Матерью-Церковью, а также «за клятвопреступление во святом Причастии и за самочинное отделение от законного церковного священноначалия» митрополит Сергий (Воскресенский) уволил Александра от управления «Эстляндской» епархией, запретив в священнослужении и предав суду архиереев. В связи с трагической кончиной митрополита Виленского Сергия (28 апреля 1944 г.) и эмиграцией Александра суд не состоялся. Все эстонские приходы и часть русских приходов продолжали считать Александра главой церкви до самого конца его пребывания в Эстонии. Оккупационные власти не препятствовали его деятельности, однако запретили поддерживать связь с Константинопольским патриархатом. Епископ Нарвский Павел из переписки с Александром к маю 1942 г. сделал вывод, что Александр «циркуляром от 14 октября порывает всякую связь с Матерью-Церковью» и даже «идёт по пути разрыва со Вселенской Церковью». Он и большинство русских приходов сохранили каноническую верность экзарху Латвии и Эстонии митрополиту Сергию. 20 сентября 1944 г. немецкими оккупационными властями Александр был насильственно эвакуирован в Северную Германию в лагерь Омштеде под городом Ольденбургом. Там во временной лагерной церкви-бараке он открыл первый зарубежный эстонский приход. С волной беженцев Эстонию покинули 22 клирика и часть мирян ЭАПЦ. В других лагерях Германии также появились временные храмы, в которых богослужение совершалось на родном для эстонцев языке. В марте 1947 г. Александр получил разрешение поселиться в Швеции и до своей смерти проживал в Стокгольме. 15 января 1948 г. им был учреждён Синод для управления 17 эстонскими приходами в разных странах: Швеции (7), США (4), Канаде (3), Англии (1), Германии (1) и Австралии (1). В эмиграции Александр по-прежнему считал себя главой автономной церкви, продолжая до самой смерти именоваться митрополитом Таллиннским и всей Эстонии, несмотря на то, что Таллиннскую кафедру в это время уже занимали канонические архипастыри, находившиеся в юрисдикции РПЦ. 25 октября 1953 г. Александр был похоронен на православном Лесном кладбище в Стокгольме. В его отпевании не принял участия никто из официальных представителей Константинопольского патриархата. После его кончины приходы эстонской диаспоры по их просьбе были включены в местные епархиальные структуры Константинопольского патриархата.