Несмотря на содействие Московской патриархии в деле восстановления нового кафедрального собора и обеспечения нормальной деятельности Львовской епархии, Андрей с первых дней служения в Покровском соборе прекратил поминовение за богослужением имени Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Резко националистические настроения Андрея обозначились в 1991 г., когда после получения Украиной государственной независимости он стал одним из наиболее активных приверженцев курса митрополита Филарета (Денисенко) на предоставление Украинской православной церкви автокефалии, что проявилось на Архиерейском Соборе РПЦ 31 марта – 5 апреля 1992 г., где Андрей не только отстаивал сепаратистскую линию бывшего митрополита Филарета, но и пытался защитить его, когда был поднят вопрос о недостойном поведении первоиерарха УПЦ. Вместе с несколькими архиереями Андрей заявил, что это внутреннее дело украинского епископата, и оно не может быть предметом обсуждения на Архиерейском Соборе РПЦ в силу того, что УПЦ с 1990 г. обладает правом самостоятельно решать вопросы своей внутренней жизни. В июле 1992 г. Андрей объявил о выходе из юрисдикции канонической УПЦ и переходе в раскольничью Украинскую Автокефальную Православную Церковь (УАПЦ), которая вскоре, после присоединения к ней Филарета (Денисенко), была преобразована в Украинскую православную церковь Киевского патриархата (УПЦ КП), возглавлявшуюся первоначально лжепатриархом Мстиславом (Скрыпником). За учинение раскола 14 июля 1992 г. Священным Синодом УПЦ Андрей был лишён архиерейского сана. В УАПЦ он именовался «епископом (впоследствии архиепископом) Львовским и Сокальским», несмотря на наличие среди раскольников ещё одного «епископа Львовского»  – Петра Петруся. После кончины «патриарха» Мстислава из УПЦ КП вновь обособилась УАПЦ, которую возглавил лжепатриарх Димитрий Ярема. Андрей остался в составе УПЦ КП, во главе которой сначала стоял лжепатриарх Владимир Романюк (1993–1995 гг.), а с октября 1995 г. – Филарет (Денисенко). С 1995 г. Андрей – «митрополит Львовский и Сокальский» УПЦ КП. Архиерейский Собор РПЦ 1997 г. в «Акте отлучения от Церкви монаха Филарета (Денисенко)» призвал Андрея к «покаянию и прекращению кощунственных бесчинств», предупредив, что «в противном случае» он будет отлучён от «церковного общения через анафематствование». Андрей известен своим нетерпимым отношением к верующим Львовской епархии канонической УПЦ и её правящему архиерею – архиепископу Августину (Маркевичу). Однако несколько раз предпринимал попытки «прозондировать почву» на предмет своего возвращения в лоно канонической УПЦ, но ставил условием возвращение ему епископского сана (что воспрещается канонами православной церкви) и перевод в какую-либо восточноукраинскую епархию.