В последние годы Афанасий вёл обширную переписку (более чем с 400 корреспондентами). Похоронен на Старом кладбище Владимира. Канонизирован определением Архиерейского собора РПЦ 2000 г. Афанасий был причтён к лику святых в чине священноисповедника. 15 октября 2000 г. состоялось обретение его мощей, которые 29 октября крестным ходом были перенесены в Рождество-Богородицкий монастырь Владимира. После того как определением поместного Собора от 26 августа 1918 г. было восстановлено празднование дня памяти Всех святых, в земле Российской просиявших, Афанасий совместно с профессором Б.А. Тураевым подготовил текст службы на этот день, основываясь на службе, созданной в конце XV – первой половины XVI вв. иноком суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Григорием. Афанасий и Б.А. Тураев существенно переработали службу инока Григория и дополнили её новыми текстами. Новая служба была напечатана гражданской графикой в 1918 г., в 1930 г. переиздана славянской графикой в Париже, в 1946 г. только что созданное Издательство Московской Патриархии выпустило третье издание службы. Из него по цензурным соображениям были исключены песнопения, которые могли бы напомнить о гонениях на церковь в XX в. 10 ноября 1922 г., в день памяти Ростовского митрополита Димитрия (Туптало) Афанасий вместе с некоторыми из священнослужителей, находившихся во владимирской тюрьме – Астраханским архиепископом Фаддем (Успенским), Крутицким архиепископом Никандром (Феноменовым), епископами Вязниковским Корнилием (Соболевым), Суздальским Василием (Зуммером), игуменом московского Чудова монастыря Филаретом (Волчаном), протоиереями Сергием Глаголевским, Николаем Счастневым, священником Сергием Дурылиным и др. – совершил службу Всем русским святым. «И вот тогда-то, – писал впоследствии Афанасий, – после неоднократных бесед об этом празднике, о службе, об иконе, о храме во имя сего праздника, было положено начало нового пересмотра, исправления и дополнения службы, напечатанной в 1918 году. Между прочим, была высказана мысль о желательности дополнить службу так, чтобы её можно было совершать не только во вторую неделю по Пятидесятнице, но по желанию и в другое время и не обязательно в воскресный день». Начиная с 1920 гг. Афанасий работал над исправлением и дополнением службы Всем русским святым, в результате чего возникла самостоятельная редакция этого последования, приспособленная к служению не в соединении с воскресной службой, а как самостоятельное трёхдневное праздничное богослужение (15–17 июля).