Этот вопрос был поставлен Патриархом Московским и всея России Тихоном в связи с причислением к лику святых Иркутского епископа Софрония (Кристалевского). В докладе Афанасия и Б.А. Тураева впервые на христианском Востоке были предложены нормы канонизации, в частности, было высказано пожелание, «чтобы... те угодники Божии, которые уже причтены к лику святых для местного почитания, были известны за святых и всей Православной Русской Церкви». На этом же заседании был прочитан доклад Б.А. Тураева «О восстановлении празднования в первое воскресенье Петровского поста всех святых новых чудотворцев Российских». Собор принял решение восстановить существовавшее в Русской церкви празднование памяти русских святых. Участие Афанасия в заседаниях Собора 1917–1918 гг., работа в Отделе о богослужении, проповедничестве и храме определили основные направления его научной и церковно-творческой деятельности. В 1918–1920 гг. он был членом Владимирского епархиального совета, в феврале 1919 г. присутствовал на демонстрации в Успенском соборе Владимира вскрытых большевистской комиссией мощей князя Андрея Юрьевича Боголюбского, князя Глеба, великого князя Георгия Всеволодовича. Во многом благодаря ему во время демонстрации мощей служились молебны владимирским угодникам и предполагаемое поругание святыни обратилось в торжественное богослужение. В 1920 г. Афанасий был назначен наместником владимирского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря с возведением 2 февраля 1920 г. в сан архимандрита. Был непосредственным свидетелем того, как в августе 1920 г. помещения обители были заняты ГубЧК. В сентябре 1920 г. был закрыт Владимирский епархиальный совет, 1 июля следующего года Афанасий был назначен настоятелем Боголюбского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря. 10 июля 1921 г. состоялась его хиротония во епископа Ковровского, викария Владимирской епархии, которую по благословению патриарха Тихона совершали митрополит Владимирский Сергий (Страгородский), архиепископ Нижегородский Евдоким (Мещерский) и епископ Печерский, викарий Нижегородской епархии Варнава (Беляев). 30 марта 1922 г. Афанасий был арестован, в срочном порядке препровождён в Реввоентрибунал, но 31 марта освобождён. Причиной ареста послужила проповедь святителя, произнесённая 23 марта в Казанском соборе города Вязники (его обвинили в том, что он призывал верующих сопротивляться изъятию церковных ценностей). Весной 1922 г. во Владимире началось следствие, связанное с пропажей предметов из ризницы Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня монастыря. Все архиереи, имевшие какое-либо отношение к Спасо-Евфимиевой обители, были арестованы. Афанасия обвинили «в агитации и будировании масс против сдачи церковных ценностей и по делу хищения драгоценностей из ризницы Спасо-Евфимиевского монастыря в г. Суздале». Афанасий и митрополит Сергий (Страгородский) были приговорены к заключению сроком на год. 9 июня 1922 г. во Владимире состоялся показательный суд по данному делу. 10 июня Афанасий был освобождён по амнистии, однако лишь в апреле 1924 г. дело было прекращено по кассации.