При расставании с алтайской паствой в 1886 г. в связи с переводом на Ставропольскую кафедру епископ Владимир произнёс молитву, которая получила название «Молитва алтайского миссионера» и стала своеобразным завещанием третьего начальника Алтайской духовной миссии её сотрудникам. Непрестанной молитвы, смирения, терпения, разума и любви, прежде всего, искали и желали алтайские миссионеры. Преемником епископа Владимира на посту начальника Алтайской духовной миссии стал Бийский епископ Макарий (Невский; 1883–1891 гг.) – «второй Макарий», как звали его новокрещёные алтайцы. Он поступил в Алтайскую духовную миссию в 1855 г. после окончания Тобольской духовной семинарии, трудился в миссии 36 лет и прошёл все ступени миссионерского служения от катехизатора и учителя миссионерской школы до начальника миссии. После перевода на Томскую (1891 г.), а затем на Московскую (1912 г.) кафедры Макарий не оставлял попечения о миссии и был её духовным руководителем. Епископу Макарию принадлежит особая заслуга в создании большого числа миссионерских школ и в деле издания книг на алтайском языке. В 1883 г. в Бийске было открыто миссионерское катехизаторское училище, в 1890 г. по ходатайству Енисейского епископа Тихона (Донебина) учащим и учащимся училища были дарованы права учащих и учащихся духовных училищ. 21 сентября 1884 г. было создано Бийское противораскольническое братство Димитрия Ростовского. При поддержке Православного миссионерского общества Алтайская духовная миссия окрепла и в материальном отношении. В 1890 г. на содержание Алтайской и Киргизской миссий поступило от Православного миссионерского общества и различных жертвователей 38906 руб. 24 коп. ассигнациями и 2515 руб. 20 коп. процентными билетами. Всего же капитал Алтайской духовной миссии в 1890 г. составил 42224 руб. 22 коп. ассигнациями и 27421 руб. 20 коп. процентными билетами. Из этих сумм на жалованье и пенсионное пособие членам и сиротам Алтайской духовной миссией было истрачено 14159 руб. 86 коп., на содержание Бийского катехизаторского училища и школ миссии – 9290 руб. 15 коп., на новокрещёных – 2453 руб. 54 коп., на церкви и станы миссии – 2609 руб. 72 коп. и проч. 22 августа 1920 г. Макарию по предложению патриарха Тихона был пожизненно присвоен титул митрополита Алтайского. После Макария Алтайской духовной миссией руководили Бийские епископы Владимир (Сеньковский; 1891–1893 гг.), Мефодий (Герасимов; 1894–1898 гг.), Сергий (Петров; 1899–1901 гг.), Макарий (Павлов; 1901–1905 гг.), Иннокентий (Соколов; 1905–1924 гг.).