Алтайские миссионеры уделяли большое внимание внебогослужебным чтениям и собеседованиям. В первое время он читали душеполезные книги новокрещёным алтайцам в их юртах. Затем стали собирать их вместе для чтения под открытым небом – летом, в помещении – зимой (впоследствии этот обычай распространился по многим городам Томской епархии). В «Томских епархиальных ведомостях» публиковались расписания и сообщения о внебогослужебных чтениях. В начале XX в. в Улале, а затем в Бийске миссионеры ежегодно собирались на Миссионерские братские съезды, проведение которых было приурочено ко дню тезоименитства архимандрита Макария (19 января), на съездах обсуждались важнейшие вопросы миссионерской деятельности, читались записки и дневники миссионеров, которые вели их по примеру основателя Алтайской духовной миссии. Существуют десятки опубликованных и сотни неопубликованных записок, дневников, путевых заметок алтайских миссионеров, ценных как исторические источники и литературные произведения. К 1864 г. в миссии трудились девять миссионеров (один протоиерей, четыре священника, четыре иеромонаха), а также иеродиакон, диакон и восемь причётников, вместе с переводчиками – 29 человек. Алтайская духовная миссия занималась активной благотворительностью: обучением алтайцев осёдлому ведению хозяйства, земледелию, огородничеству и проч., лечением больных (в частности, делались прививки от оспы), помощью бедным, убогим, слепым и престарелым (хлебом, одеждой, земледельческими орудиями, покупкой скота и проч.). В 1858–1863 гг. было приобретено 37 домов для бедных алтайцев. Между тем на большинство социальных и даже миссионерских проектов Алтайская духовная миссия не получала правительственных субсидий. До 1858 г. на нужды миссии из казны отпускалась сумма в 571 руб. 41 коп., что позволяло выделять на содержание членов миссии от 10 до 80 руб. в год. В 1858–1864 гг. содержание Алтайской духовной миссии несколько улучшилось, поскольку к прежней сумме на жалованье и служебные нужды миссии стали отпускаться по 4000 руб. в год из сумм Святейшего Синода. Однако строительство церквей в новокрещёных селениях, домов для членов миссии и школ грамотности осуществлялось на благотворительные пожертвования, каковые в 1858–1863 гг. составляли от 400 до 3500 руб. в год. Помимо финансовых трудностей жизнь алтайских просветителей изобиловала опасностями, сопряжёнными с их миссионерской деятельностью: во время путешествий миссионеры не раз падали с крутых обрывов в реки, проваливались под лёд при переправах, ночевали на болотах и в горах в буран и мороз, подвергались нападениям со стороны раскольников и беглых каторжан. В конце 1850 – начале 1860 гг. алтайских миссионеров обвиняли в насильственном крещении инородцев и преследовали судебными тяжбами. 24 ноября 1865 г. Святейший Синод назначил нового начальника миссии – архимандрита Владимира (Петрова), который сумел не только оправдать миссионеров, но и развернул активную деятельность по дальнейшему развитию миссии. Накануне своего назначения Владимир участвовал в учреждении в Санкт-Петербурге Православного миссионерского общества для содействия Алтайской и Забайкальской миссии.