АЛТАЙСКАЯ ДУХОВНАЯ МИССИЯ основана в 1830 г. выдающимся миссионером Макарием (Глухарёвым), благодаря успешной деятельности которого она получила наибольшую известность среди духовных миссий Русской православной церкви, действовавших на территории России в XIX – начале XX вв. Следуя кирилло-мефодиевой традиции, все основные виды миссионерского делания (проповедь, обучение, богослужение) алтайские миссионеры совершали на родном языке алтайцев и шорцев. Менее чем за столетие (1830–1920 гг.) трудами миссионеров из язычества в православие было обращено более половины коренного населения Горного Алтая и Горной Шории. Методы алтайских миссионеров широко использовались в других миссиях Русской православной церкви, стремившихся не только привести язычников к крещению, но и устроить все стороны жизни новокрещёных в духе православной церковности. На Иркутском миссионерском съезде 1910 г. Алтайская духовная миссия была признана «образцом и руководителем» для других миссий. Сильной стороной Алтайской духовной миссии была её образовательная, переводческая, литературная и издательская деятельность; этнографические и лингвистические труды алтайских миссионеров не утратили своего научного значения до настоящего времени. Предпосылкой её учреждения явился указ Святейшего Правительствующего Синода от 24 декабря 1828 г. на имя архиепископа Тобольского и Сибирского Евгения (Казанцева), в котором предписывалось восстановить в Сибири должность инородческих миссионеров, упразднённую в 1799 г. В поисках лица, способного понести миссионерское служение в Сибири, архиепископ Евгений обратился с запросами к Курскому  епископу Владимиру (Ужинскому) и Архангельскому епископу Аарону (Нарциссову), а также к архимандриту соловецкого монастыря. В Глинской пустыни, относившейся в то время к Курской епархии, подвизался архимандрит Макарий (Глухарёв), который и откликнулся на призыв Синода. Указ Синода от 27 мая 1829 г. Тобольскому архиепископу Евгению предписывал «отправленного из Курской епархии архимандрита Макария обратить по усмотрению Его Преосвященства на дело проповеди, где сие представится нужным». 5 июня 1829 г. архимандрит Макарий выехал из Глинской пустыни в Москву, где получил благословение на миссионерское служение от Московского митрополита Филарета (Дроздова), 1 сентября 1829 г. отправился из Москвы в Тобольск и к концу месяца прибыл в распоряжение архиепископа Евгения. В Тобольске на протяжении десяти месяцев будущий миссионер занимался подготовкой помощников, оформлением необходимых документов, а главное – выбором конкретного места своего служения. Согласно предписанию, полученному от Святейшего Синода, в Тобольске Макарий избрал себе в помощники добровольно вызвавшихся на миссионерское поприще двух местных семинаристов: сына дьячка В. Попова и сына священника А. Волкова. В качестве руководства Макарию и его сотрудникам была дана инструкция Святейшего Синода 1769 г. Также архимандрит получил копию с Высочайше утверждённого 17 июня 1826 г. мнения Государственного Совета о льготах, «предоставляемых инородцам, принимающим святое Крещение», которые состояли в трёхлетнем освобождении новокрещёных от податей и повинностей.