Колокольня монастыря возведена на средства графа Сергея Борисовича Шереметева в 1748 г.; первоначально храм в нижнем ярусе колокольни был освящён в честь архангела Михаила, после перестройки колокольни в 1848 г. Филарет (Дроздов) освятил его в честь апостола Иоанна Богослова. Андреевский монастырь был упразднён в 1724 г., его храмы стали приходскими, в постройках монастыря были учреждены школа для детей-подкидышей и тюрьма. В 1730 г. монастырь был возобновлён, школа и тюрьма ликвидированы. В 1762 г. Синод назначил Андреевский монастырь временным местом для содержания умалишённых. Окончательно обитель была обращена в приход в 1764 г. (Московский митрополит Тимофей (Щербацкий) утвердил соответствующее определение консистории в январе 1765 г.). Во время эпидемии 1771 г. на территории Андреевского монастыря было устроено кладбище для родовитых горожан и насельников московских монастырей. В 1775 г. в обители разместился работный дом для «ленивиц» женского пола. В 1803 г. по просьбе Московского купеческого общества монастырь был передан под устроение богадельни для лиц обоего пола, строительство которой началось в 1805 г. (архитектор Фёдор Кириллович Соколов), последний корпус построен в 1878 г. (архитектор Александр Степанович Каминский). Число призреваемых со 150 человек в 1805 г. увеличилось до 956 в 1906 г. В храмах обители служил причт из белого духовенства, окормлявший не только призреваемых в богадельне, но и жителей ближайших московских слобод – Андреевской и Живодёрной. В 1918 г. богадельня прекратила существование, в зданиях Андреевского монастыря разместились дома-коммуны первой московской фабрики Гознак. В 1923 г. храм мученика Андрея Стратилата передали рабочим Гознака под школу (не была открыта), в 1925 г. в Воскресенской церкви устроили клуб. В храме апостола Иоанна Богослова богослужения совершались до конца 1930 гг. Некрополь обители, сложившийся в XVIII–XIX вв. (на территории Андреевского монастыря погребены Плещеевы, Щербатовы, Шереметевы и др.), в основном, уничтожен в 1920–1940 гг. В 1964 г. здания Андреевского монастыря поступили в распоряжение Комитета стандартов, мер и измерительных приборов СССР, в них разместилась Московская государственная контрольная лаборатория по измерительной технике, преобразованная впоследствии во Всесоюзный НИИ метрологической службы Госстандарта. С 1967 г. в Андреевском монастыре велись реставрационные работы (автор проекта – архитектор Георгий Константинович Игнатьев). В 1991 г. указом патриарха Алексия II в обители было учреждено Патриаршее подворье, в следующем году освящена Воскресенская церковь, в которой возобновились богослужения. В 1996 г. комплекс бывшего Андреевского монастыря передан Русской православной церкви для размещения Синодальной библиотеки Московского патриархата. С 1998 г. действует общеобразовательная «Школа при Андреевском монастыре». 16 июля 2013 г. Священным Синодом было принято решение преобразовать патриаршее подворье в бывшем Андреевском монастыре в Андреевский ставропигиальный мужской монастырь г. Москвы. Наместником монастыря назначен епископ Дмитровский Феофилакт (Моисеев).