12 сентября посланием патриарха Иоакима III афонским инокам запрещается чтение книги «На горах Кавказа» всем живущим на Святой горе, послание содержит предупреждение тем, кто распространяет «это бессмысленное и богохульное учение, смущает Святую гору», к ним «приняты будут со стороны Церкви строжайшие меры». Антоний делает разбор послания и направляет его патриарху, направляет обер-прокурору Святейшего Синода жалобу на архиепископа Антония (Храповицкого), с благословения которого на страницах «Русского инока» печатались статьи против имяславцев, в том числе и самого архиепископа. В январе 1913 г. Антоний принял активное участие в низложении и изгнании игумена Андреевского скита Иеронима и избрании игуменом архимандрита Давида. Ватопедский монастырь, которому был подчинён скит, не признал выборы законными, Антонию было предложено покинуть скит. В начале февраля он уехал с Афона хлопотать об имяславцах в Санкт-Петербург. Имяславцы были осуждены новым Константинопольским патриархом Германом V (1913–1918 гг.), в послании которого на Афон говорилось об Антонии и архимандрите Давиде как о «виновниках произведённого беззаконного восстания», они призывались в Константинополь для ответа за распространяемое ими учение. В марте 1913 г. в издании «Религиозно-философской библиотеки» Михаила Новосёлова выходит в свет «Апология» Антония с неподписанным предисловием («От редакции») священника Павла Флоренского и включённым в него письмом профессора Московской духовной академии Митрофана Дмитриевича Муретова. В опубликованной вскоре статье «Афонская смута» канонист Сергей Викторович Троицкий сближает взгляды, высказанные в «Апологии», со взглядами варлаамитов, обвиняет Антония в неточном прочтении отцов церкви. Он пишет: «Добросовестным недоразумением следует считать все ссылки Апологии на тексты из писаний Иоанна Кронштадтского, Симеона Солунского, Игнатия и Каллиста Ксанфопула и др., говорящих на самом деле не об объективном тождестве имени с Богом, а о субъективном отождествлении именования с именуемым лицом в молитве, в призывании Господа». Это недоразумение, считает С.В. Троицкий, явилось исходным пунктом афонской смуты. Далее в статье даются параллельно тезисы Антония и тезисы, приводимые С.В. Троицким: 1) «имя Божие, понимаемое в смысле откровения Божия... в смысле открывания истин человеку есть вечная неотделимая от Бога энергия Божия... в таком смысле слову имя приложимо наименование Божество, но не Бог, поскольку «Бог есть действующий», а не действие и поскольку «Бог есть выше Божества». Имя как энергию Божию можно назвать Богом лишь в несобственном смысле, в смысле противоположности твари, но называть Имя Самим Богом нельзя ни в коем случае, ибо в слове «Сам» непременно мыслится существо Божие»; 2) имя Иисус... относится «к Его Ипостаси, Ипостаси Божеской, в коей объединены божеское и человеческое естество Христа»; 3) имя Иисус, понимаемое в смысле откровения Божия о спасении человечества... есть сила Божественная и действие Божие... но имя Иисус в смысле нашего акта произнесения не есть сила Божественная... Но и в том и в другом смысле имя Божие может быть названо «силою посредствующею»; 4) «все имена Божии равночестны, но ни одно из них само по себе не имеет силы, ибо сила Божия, благодать Божия присуща только Самому Господу, Который и дарует её нам»; 5) «призывание Имени Божия есть обычный, но не единственно возможный вид молитвы... высшая ступень молитвы есть молитва без слов».