На настоятелей возлагалась обязанность доносить в Синод о малейших проступках монахов, прежде всего, об их политической неблагонадёжности. Виновных после расстрижения подвергали телесным наказаниям, заключали в тюрьмы, отдавали в солдаты, ссылали в Сибирь и на каторгу. К концу 1730 гг. число монашествующих в России составляло 14 282 (по сравнению с 25 207 в 1724 г.). В царствование Анны Иоанновны были приняты различные административные меры в сфере конфессиональной политики. В 1730 г. издан манифест с требованием соблюдения Синодом чистоты православной веры и искоренения ересей, еретических учений, расколов и суеверий. Колдунов преследовали, они подлежали публичному сожжению (указ 1731 г.). Правительство Анны Иоанновны продолжило борьбу со старообрядчеством, раскольников переселяли с пограничных территорий в глубь страны под монастырский надзор, разоряли скиты (в 1735 г. на острове Ветка, в 1736 г. в Стародубье), публиковались противораскольнические сочинения и проводились миссионерские беседы. Несмотря на правительственные меры, раскол усиливался и распространялся. В 1730 гг. в России зародилась и укоренилась секта хлыстов. Среди высших слоёв петербургского общества велась лютеранская и католическая пропаганда, вследствие чего в 1735 г. вышел указ, по которому всем неправославным христианам (католикам и лютеранам) на территории России предоставлялась свобода вероисповедания с условием «не распространять свою веру на православных». В 1730 г. был подтверждён указ об обязательном принятии татарскими мурзами Казанской губернии православия под угрозой высылки за пределы России. Действие указа было распространено на персов, проживавших в России, хотя в то же время указами 1734 и 1739 гг. запрещалось пленных персов и турок насильно обращать в православие. В 1738 г. была введена смертная казнь «за богохульство», в том же году казнён капитан-лейтенант флота Возницын за переход в иудаизм. В 1739 г. для поддержки миссионерства среди народов Поволжья была учреждена Комиссия новокрещенских дел в Казани. В деятельности этой комиссии принимали активное участие Казанские архиепископы Иларион (Рогалевский; 1732–1735 гг.) и Лука (Коношевич; 1738–1755 гг.), архимандрит Свияжского монастыря (будущий митрополит) Димитрий (Сеченов). В Астраханской епархии среди калмыков активно проповедовал православие епископ Hикодим (Ленкевич). При Анне Иоанновне возросло внимание к духовному образованию. По инициативе архиепископа Феофана (Прокоповича) и благодаря трудам епархиальных архиереев-малороссов было открыто 16 семинарий по образцу южнорусских училищ (в Казани, Рязани, Нижнем Новгороде, Санкт-Петербурге, Холмогорах, Пскове, Вятке, Воронеже, Коломне, Тобольске, Великом Устюге, Вязьме, Твери, Ростове, Суздале, Hовгороде). В Казанской губернии основаны четыре школы, в которых поволжским «инородцам» преподавались русский язык и православное вероучение. Перед смертью Анна Иоанновна назначила своим преемником сына племянницы Анны Леопольдовны двухмесячного младенца Иоанна Антоновича, регентом – Э.И. Бирона. Скончалась от болезни почек, похоронена в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга.