Среди опечатанных бумаг митрополита Сильвестра обнаружили заметки о «неправославии» Феофана, критические суждения о петровских указах, касавшихся монастырских имений и др. На основании указа Анны Иоанновны Тайная канцелярия распорядилась 31 декабря 1731 г. перевести митрополита Игнатия в Корельский во имя святителя Николая монастырь близ Архангельска. Митрополит Сильвестр указом Синода был уволен на покой (фактически под надзор) в Александро-Невский монастырь без права архиерейского служения. В марте следующего года его перевели в Крыпецкий монастырь Псковской епархии, а спустя некоторое время на основании обвинения в ложном «слове и деле» лишили сана и заточили в Выборгскую крепость. Репрессиям подвергся архиепископ Тверской Феофилакт (Лопатинский). В 1728 г. он опубликовал труд своего покойного учителя митрополита Рязанского Стефана (Яворского) «Камень веры», обличавший протестантство, в склонности к которому подозревали архиепископа Феофана. В 1731 г. архиепископ Феофилакт безуспешно попытался переиздать эту книгу. Феофан подал в Тайную канцелярию донос о вреде подобного издания, а также анонимно стал распространять рукопись «Молотка на “Камень веры”», где обвинял митрополита Стефана в тайном иезуитстве. Архиепископа Феофилакта исключили из Синода и удалили в Тверь. На основании «решиловского дела» в 1735 г. он был арестован, доставлен в Санкт-Петербург и подвергнут пыткам в Тайной канцелярии. В 1738 г. по указу Анны Иоанновны и решением Синода архиепископ Феофилакт был лишён сана и монашества, заключён в Петропавловскую крепость. Осуждённые архиереи подвергались преследованиям и в местах их заточения. За ними велась слежка, против них выдвигались новые обвинения. В положении приходского духовенства в царствование Анны Иоанновны произошла серьёзная перемена. Указом Святейшего Синода (1732 г.) выборы кандидатов священства были сведены к сбору формальных свидетельств прихожан о добропорядочности ставленника, судьба же самого ставленника решалась исключительно волей архиерея. На протяжении XVIII в. правительство не раз проводило «разборы» духовного чина, в результате которых дети священно- и церковнослужителей, не имевшие духовного чина и не обучавшиеся в духовных училищах, переводились в податное сословие или рекрутировались в армию. В результате «разборов», продолжавшихся с 1736 по 1740 гг., российское белое духовенство пришло в упадок. Все принадлежавшие к духовному сословию и годные к военной службе в возрасте от 15 до 40 лет и не имевшие штатного церковного места подлежали рекрутскому набору. К 1740 г. стал сильно ощущаться недостаток белого духовенства, около 600 церквей оказалось без причтов. Анна Иоанновна продолжила жёсткую политику Петра I по сокращению числа монастырей и монашествующих. Указом от 1734 г. за недозволенный постриг в монахи (по закону разрешалось постригать только вдовых священников и отставных солдат) на епархиального архиерея налагался штраф в 500 руб.; настоятеля монастыря, в котором состоялся недозволенный постриг, осуждали на пожизненную ссылку, а самого новопостриженного лишали монашеского звания и подвергали телесному наказанию.