Синкретизм черт армянского и грузинского зодчества XIII в., характерный для этого храма, особо проявился в формах и декорациях экстерьера, где типично грузинскими являются большие орнаментированные кресты и обрамления окон, а порталы созвучны армянским образцам. С запада к храму около середины XIII в. были пристроены усыпальница Иване и портик с открытой аркатурой прямоугольные в плане. Росписи церкви датируются между 1205 и 1216 гг. В соответствии с грузинской традицией в парусах помещены изображения евангелистов в медальонах, а на лицевых сторонах арок текст Пс. 103:19 на асомтаврули. Иконографическая программа алтарной апсиды (в конхе Богородица с Младенцем на троне, ниже – композиция «Причащение апостолов», под ней два ряда святителей) воспроизводит наиболее строгие византийские образцы. Связь с национальной культурной традицией армян-халкидонитов проявилась в расположении в центре нижнего яруса образа св. Григория Просветителя. В нижней части западной стены изображены святые Грузинской церкви, среди которых св. равноапостольная Нина и Иоанн Зедазнели. В южном и северном рукавах пространственного креста представлены циклы росписей, посвящённые Пресвятой Богородице и Спасителю, в западном – «Страшный Суд». Исследование стилистических особенностей фресок и характера надписей позволяет специалистам предположить, что в работе участвовали не менее восьми художников, среди них были армянин-халкидонит, знакомый с византийской живописью позднекомниновской эпохи (алтарная апсида); художник, следовавший образцам византийской живописи первой половины XIII в. (верхние регистры северной и южной стен и главные своды); мастера из Грузии, расписавшие западную стену. Помимо главного храма внутри монастыря находятся небольшая зальная церковь св. Василия и руины двухэтажного жилого корпуса. Вокруг монастыря на разном расстоянии располагаются четыре церкви-часовни, посвящённые Святой Троице, св. апостолам, святителям Григорию Богослову и Иоанну Златоусту. Реставрационные работы в Ахтале осуществлялись с 1979 по 1989 гг. управлением по охране памятников Армении.