Католикос поддерживал деловые отношения с находившимися в Западной Грузии католиками-миссионерами, по просьбе царя Имерети Георгия III вёл сложные переговоры с прибывшим в Грузию иранским шахом Аббасом I, неоднократно совершавшим разорительные походы в Картли и Кахети и стремившимся полностью истребить местное население (только в Кахети погибло 100 тыс. и 200 тыс. человек было угнано в рабство в Иран). В 1620 гг. в Грузии вспыхнуло восстание против иранского ига во главе с Великим Моурави (высшая административная должность) Картли Георгием Саакадзе, с которым Малахия II неоднократно вёл переговоры относительно хода восстания. Связи Грузии с Россией, прерванные в период монголо-татарского ига, были возобновлены в XV в., а в XVI–XVIII вв. приняли регулярный характер. Грузинские правители неоднократно обращались с просьбой к русскому правительству об оказании военной помощи Грузии, также ставился вопрос о совместных действиях против Турции и Ирана. Видную роль в дипломатических отношениях с Россией играли и высшие церковные иерархи Грузии. В 1640 г. Абхазский католикос-патриарх Максим I (Мачутасдзе) принял русских послов Федота Ельчина и Павла Захарьева, приглашённых князем Одиши Леваном II (Дадиани; 1611–1657 гг.). Максим I показал послам Моквский монастырь и хранимые там святыни, познакомил их с историей и культурой Грузии. Несколько раз принимали русское посольство стольника Никифора Толочанова и дьяка Алексея Иевлева, приглашённое царём Имерети Александром III (1639–1660 гг.), католикосы Максим I и Захария (Квариани). По личной просьбе католикоса-патриарха Захарии князь Одиши Вамех III (Дадиани) отдал во владение Абхазского католикосата церковь в селе Сенаки, а князь Одиши Симеон II (Гуриели) – храм в селе Акети. Католикос Захария был видным государственным деятелем, сыгравшим важную роль в политических событиях в Западной Грузии. Как официальный представитель Грузии он присутствовал в 1645 г. на церемонии присяги на верность царя Имерети Александра III российскому царю Алексею Михайловичу и поставил свою подпись в «Книге верности». Во время правления католикосов-патриархов Давида (Немсадзе) и Григория II (Лордкипанидзе) в Абхазии, выделившейся в самостоятельное княжество в 1630 гг., усилилось притеснение христианского населения со стороны Турции. Переселившиеся с Северного Кавказа племена, принявшие самоназвание местных абхазов, постепенно осели на территории от реки Келасури до реки Ингури, в результате чего Абхазский католикосат стал терять свои владения на этих землях. Католикосы стремились уберечь от продажи в Турцию крепостных, приписанных к Абхазскому католикосату: католикос Давид потребовал от абхазского князя Квапу (Шервашидзе) прекратить торговлю, на что получил согласие, но на практике всё продолжалось по-прежнему. Католикос Григорий, видя невыполнение соглашения, заключённого между католикосом Давидом и Квапу (Шервашидзе), выкупил принадлежащее Католикосату оставшееся крепостное население Абхазии и поселил его на территории Одиши.