Вскоре Антоний II был обвинён в нарушении закона о землевладении, поощрении антироссийской деятельности некоторых оставшихся в Грузии представителей рода Багратиони и т.д. В июне 1809 г. главнокомандующий в Грузии генерал Александр Петрович Тормасов в письме обер-прокурору Святейшего Синода Русской православной церкви князю Александру Николаевичу Голицыну предложил создание духовной дикастерии в Грузии, во главе которой должен был бы стоять Антоний II «во уважение царского рода и всеобщего к нему здесь, в Грузии, почтения». Учреждение дикастерии сильно затянулось, и Антоний II был приглашён в Санкт-Петербург «для положения прочных оснований в деле, относящемся до тамошняго духовенства, ибо по оному нужно будет сделать некоторыя перемены». Целый год Антоний II откладывал отъезд, ссылаясь на плохое самочувствие, но в начале ноября 1810 г. был вынужден покинуть родину, отслужив 9 ноября в соборе Светицховели последнюю патриаршую службу. Однако ещё до его отъезда в Россию вопрос об автокефалии ГПЦ был решён: А.Н. Голицын в письме А.П. Тормасову писал о пожелании государя «устроить управление грузинским духовенством так, чтобы оно было в зависимости от Святейшего Синода». 30 января 1811 г. император Александр I утвердил доклад Святейшего Синода об учреждении нового управления ГПЦ: автокефалия и патриаршее достоинство были упразднены, начальствующим архиереем над грузинским духовенством был поставлен митрополит Мцхетский и Карталинский с присвоением ему титула члена Святейшего Синода РПЦ и Экзарха Грузии. На совещании Святейшего Синода 21 июня 1811 г. по церковным вопросам Грузии с Антония II был снят сан Католикоса-Патриарха. Антоний II удалился на покой в Нижний Новгород, недалеко от которого, в селе Лыскове, жили потомки грузинского царя Вахтанга VI Багратиони, помогавшие ему в течение всей оставшейся жизни. Антонию II в виде «компенсации» были пожалованы зелёная бархатная мантия, орден Андрея Первозванного, карета, ранее принадлежавшая императрице Елизавете Петровне, годовая пенсия в размере 54 тыс. руб. ассигнациями и штат «первоклассного митрополита». Антоний II погребён в нижегородском Благовещенском соборе, в 1841 г. перезахоронен в Преображенском монастыре Нижегородской епархии.