К 1811 г., когда автокефалия Грузинской церкви была упразднена, и епархии Восточной Грузии вошли в состав Грузинского экзархата Русской православной церкви, в Алавердской епархии  числилось 113 церквей, ей принадлежали 342 двора крепостных крестьян. Территория Алавердской епархии  в 1811 г. была соединена с Кахетинской епархией и переименована в Алавердскую и Кахетинскую, 30 августа 1814 г. – с Телавской епархией и переименована в Телавскую и Алавердскую с кафедрой в г. Телави, в 1818 г. – с образованной в 1792 г. Бодбийско-Сигнахской епархией. 18 декабря 1828 г. Алавердская епархия была упразднена. 1 марта 1886 г. было образовано Алавердское викариатство, включившее территорию Алавердской епархии. В 1912 г. Алавердская епархия была вновь восстановлена. В 1920 гг., во время гонений на православную церковь, Алавердская епархия была упразднена и восстановлена в 1940 гг., что, возможно, связано с изменившейся политикой государства по отношению к церкви во время Великой Отечественной войны. Епархией с 24 мая 1992 г. управлял архиепископ (ныне – митрополит) Алавердский Давид (Махарадзе), член Священного Синода Грузинской православной церкви, председатель Отдела архитектуры; в епархии открыто семь храмов, служат двенадцать священников. Монастыри: Алаверди, св. Георгия (близ с. Алаверди, Ахметский район, мужской, основан в VI в., закрыт в 1929 г., возобновлён в 1990 гг.); Преображенский (г. Телави, женский, основан в VI в., возобновлён в 1990 гг.). В Шуамта действует женский монастырь во имя Хахульской иконы Богоматери (близ г. Телави, основан в 1550 гг., возобновлён в 1990 г.). В селе Матани, Ахметского района, в 2005 г. при церкви XV в, основан женский монастырь Успения Пресвятой Богородицы. В местности Алаверди расположен кафедральный собор бывшего Алавердского монастыря, основанного в VI в. Алавердским епископом Иосифом. Монастырь, ставший при царе Кахети – Эрети Квирике (Багратиони) – епископской кафедрой, пользовался попечением картлийских и кахетинских царей и считался главнейшим религиозным центром Кахетинского княжества в VIII–XI вв. Монастырь известен своей литературной деятельностью. Перу монахини Алавердского монастыря Макрины Багратиони (XVIII в.) принадлежат жизнеописание св. Иосифа Алавердского, песнопения. Она переписывала рукописи и документы богатого книгохранилища монастыря, приобретённые и подаренные монастырю в XVII в. архиепископом Зебеде II, будущим Католикосом-Патриархом. Наиболее известным раритетом этого книгохранилища является Алавердское Четвероевангелие XI в. О хранении и умножении рукописей заботились Николоз (Чолокашвили), архимандрит Кириле (Амиранидзе), Иоанне (Ларадзе; XVIII в.). В настоящее время многие из уцелевших рукописей хранятся в Институте рукописей им. К. Кекелидзе в Тбилиси. На территории Алавердской епархии  находятся также монастыри: Старый Шуамтский (V–VII вв.), Матаани («Цхракари»; V–VI вв.), Руиспирский (XII–XIII вв.), Новый Шуамтский (XVI в.), Икалто (VI–XII вв.); церкви: Кисисхевская купольная (VIII–IX вв.), Кветерской крепости (первая половина X в.), трёхнефные базилики в Ахмета и Шрома (Вачнадзиани; VIII–IX вв.), базилика в Ахшаани (VI в.).