Литургическим языком Коптской церкви является бохайрский диалект коптского языка, с X в. за богослужением также используется ставший общенациональным арабский язык, некоторые слова и выражения и по сей день произносятся коптами по-гречески. Малоизученным до сих пор остаётся богослужение Эфиопской церкви, которая, как и Коптская, сохранила древний александрийский обряд. Богослужение в Эфиопской церкви совершается на древнем языке геэз, богослужебные тексты переведены большей частью из коптских источников или непосредственно, или через посредство арабских переводов. Особенностями богослужения эфиопов являются: параллельное употребление нескольких систем служб суточного круга; большое число анафор (в Служебнике Эфиопской церкви их 14; в рукописях есть и другие эфиопские анафоры); необычность обряда (например, за богослужением исполняются ритуальные танцы) и т.д. Сильнейшим ударом по греческому богослужению александрийского обряда явилось нашествие арабов-мусульман. После разгрома Александрии (642 г.) у православных Египта более 70 лет не было патриарха, священники получали рукоположения от сирийских епископов. В результате периодически обострявшихся преследований христиан, в первую очередь, православные общины (мелькитов), численность которой быстро сокращалась, особенно много христиан покинуло Египет в начале XI в., в правление халифа аль-Хакима. Тесные связи с Иерусалимской церковью, обусловленные, в частности, миграцией православных из Египта в Палестину, привели к тому, что второй основной литургией Александрийской церкви к XII в. наряду с литургией апостола Марка стала иерусалимская литургия апостола Иакова, брата Господня. Литургия апостола Марка испытала сильное влияние литургии Константинопольской церкви, вероятно, через посредство литургии апостола Иакова (к XII в. в неё были включены протесис (проскомидия), малый и великий входы, трисвятое, херувимская песнь, Символ веры, заамвонная молитва). Греческий текст литургии апостола Марка сохранился в рукописях X–XVI вв. В XII в. знаменитый канонист Антиохийский  патриарх Феодор IV Вальсамон на вопрос Александрийского  патриарха Марка III о допустимости совершения литургий апостола Марка и апостола Иакова отвечал отрицательно, что свидетельствует об окончательном ослаблении оригинальных литургических традиций Александрии и Иерусалима. К XV в. численность православных в Египте сократилась до нескольких тысяч. К этому времени греческий александрийский обряд был уже полностью вытеснен поздним константинопольским («византийским»). «Евхологии» Александрийской патриаршей библиотеки, описанные Алексеем Афанасьевичем Дмитриевским (1856–929 гг.), в основном, соответствуют константинопольским. Исследователи выделяют лишь некоторые особенности александрийских: наличие чинов освящения вод Нила в седьмую неделю по Пасхе или в Неделю всех святых, поставления диаконисы (только в первой рукописи), хорепископа (только в первых двух рукописях) – из текста чина исследователям ясно, что этот сан соответствует сану протоиерея; возведения избранного патриарха на престол св. Марка. Чины поставлений, согласно этим рукописям, имеют некоторые особенности, в частности, при поставлении во все степени клира возглашается «Аксиос». После повсеместного распространения книгопечатания Церковь Александрии пользуется стандартными печатными богослужебными книгами, принятыми во всех греческих церквах. В XVI–XVIII вв. Церковь Александрии была крайне малочисленной. В XIX в. начался её рост как за счёт иммигрантов, так и за счёт активной проповеди православия на Африканском континенте (в XX в. литургия в Александрийской церкви совершалась более чем на 50 языках).