Папской буллой от 16 июля 1751 г., изданной по настоянию императрицы Марии Терезии, Аквилейский патриархат был упразднён, а вместо него образованы два архиепископства: Удине (епископства Венеция и Истрия) и Гориция (епископства Комо, Тренто, Педена и Триест). Изучение античных и средневековых руин Аквилеи началось уже в XVI в. План древностей был снят в 1693 г.; в первой половине XVIII в. Генри Бертоли раскопал древний баптистерий, часть кладбища, церковь св. Илария Аквилейского и трёхнефную церковь свв. Феликса и Фортуната. Особенно успешны были работы австрийских археологов конца XIX – начала XX вв. Епископский комплекс Аквилеи лежит в стороне от форума и порта. Его центр – соборная базилика (IX–XI вв., окончена патриархом Поппо в 1031 г.), в которой в 1908/1909 гг. был открыт мозаичный пол прямоугольного трёхнефного зала (37х20 м). В древности параллельно этому залу с севера располагался второй зал такой же длины. Они соединялись с запада нартексом, образуя П-образный план, не имели апсид, но были сориентированы осью на восток. Северный зал был значительно расширен около 345 г. (79х31 м), но в 452 г. уничтожен. Мозаика южного зала сохранила изображения животных, рыб и рыбаков в спокойном море (композиция «Иона»), имеет посвятительную надпись епископу Феодору (участнику Собора в Арле в 314 г.); другие части образуют орнаментальную решётку со вписанными в медальоны портретами донаторов и изображениями животных. Южное здание, согласно символике сюжетов, трактуют как зал собраний и баптистерий, а в северном исследователи видят собственно церковь. Комплекс они относят к предконстантиновскому периоду, считая древнейшим специально возведённым городским храмом Италии, предшественником городских соборов. Существует мнение (Джованни Брузин, Паоло Зоватто), что резиденция построена на месте дома епископа Феодора: ниже уровня мозаик обнаружены кладки, в которых одни исследователи видят остатки «дома собраний» (что другие считают сомнительным, т.к. вблизи есть целый ряд домов, мозаичные полы которых также включают христианские сюжеты). На другом конце порта раскопана ещё одна базилика, также с мозаичным полом. В комплексе существующего собора выделяются романские фрески в круглой крипте конца XII в. (Жития святых Марка, Ермагора и аквилейских мучеников, сцены из жизни Христа и Богородицы); росписи свода апсиды XIII в. (Богородица со святыми, аквилейскими мучениками и донаторами, среди которых император Конрад II с сыном Генрихом III и женой Гизелой, герцог Альберт Каринтийский, патриарх Поппо; сцены жития св. Ермагора); «модель» Гроба Господня – мраморная ротонда, с аркосолием и «погребальной скамьёй» внутри, начало XII в.