29 января 1801 г. настоятельница монастыря монахиня Евсевия была возведена в сан игуменьи. При игуменьи Евсевии (1801–1821 гг.) были реконструированы Богоявленская церковь, келейный корпус, устроена система водоснабжения; число сестёр достигло 200. В 1852 г. в монастыре открылся приют для десяти девочек из семей низшего духовенства, в том же году была сооружена больница с храмом в честь иконы Пресвятой Богородицы «Всех скорбящих Радость» (освящён в 1856 г.). В 1853–1886 гг. духовником обители был священник Авраамий Некрасов, бывший миссионер по г. Горбатову, в 1846 г. обративший из раскола в православие 362 человек. Он лично знал Серафима Саровского. Его богатый пастырский опыт отразился в «Письмах духовного отца к духовным детям». В 1870 гг. игуменья Мария (Ахматова) обрела Владимирскую икону Пресвятой Богородицы с записью, сообщавшей, что икона была подарена обители её основателем священником Феофилактом. Владимирская икона почиталась в монастыре наряду с чудотворным образом святителя Николая. В 1873 г. в Арзамасском монастыре была построена гостиница, в 1901 г. открылась школа для монахинь и послушниц. В начале XX в. в монастыре действовали живописная, белошвейная, золотошвейная, башмачная, вязальная и другие мастерские, богадельня. В обители ежегодно совершались два крестных хода с чтением акафиста святителю Николаю: 30 апреля, в память о чудесном избавлении обители от пожара, и 2 февраля – в память об избавлении города от эпидемии после молитвы святителю Николаю. В 1927 г. Арзамасский монастырь был закрыт, здания и храмы отданы под жилые помещения, хозяйственный магазин, Сбербанк. В 1994 г. обитель была возвращена Нижегородской епархии Русской православной церкви. 31 августа 1994 г. митрополит Нижегородский Николай (Кутепов) освятил зимнюю Богоявленскую церковь обители, а 19 февраля 1995 г. епископ Балахнинский Иерофей (Соболев) освятил в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» нижнюю церковь Богоявленского храма. К 2001 г. обители переданы требующая восстановления церковь святителя Николая Чудотворца, двухэтажное здание келий, Святые врата и угловая башня. В монастыре было 42 сестры, настоятельница – игуменья Георгия (Федотова).