Служение епископа Иосифа (Соколова), который настоятельствовал в Акатовом монастыре в 1897–1900 гг., отличалось активной благотворительностью. Во второй половине XIX в. в монастыре под председательством викарного епископа работала епархиальная комиссия Православного миссионерского общества. В начале XX в. к Акатову монастырю была приписана часовня на Староконной пл. Воронежа, построенная в 1893 г.; обители принадлежало 8 десятин земли с озером. Количество насельников не превышало 30 человек. В середине 1920 гг. Акатов монастырь, в котором служил и проповедовал архиепископ Пётр (Зверев), стал духовным центром Воронежа. Осенью 1926 г. архиепископ Пётр и назначенный им настоятель монастыря архимандрит Иннокентий (Беда) были арестованы. Последний архимандрит Акатова монастыря Тихон (Кречков) и настоятель монастырской церкви священномученик Феодор Яковлев расстреляны. В январе 1930 г. был запрещён ежедневный колокольный звон, летом 1931 г. закрыты храмы обители, снесено монастырское кладбище, святыни и имущество расхищены. Во время оккупации Воронежа немецкими войсками (5 июля 1942 г. – 5 января 1943 г.) часть зданий была разрушена, уцелевшие помещения заняты оставшимися без жилья горожанами, часть – отдана под мастерские, склады, конюшню. Позже территория обители была превращена в свалку. В 1970 г. сохранившиеся полуразрушенный Алексиевский и Сергиевский крестовый храмы и шатровую колокольню XVII в. передали Воронежскому краеведческому музею. В 1980 гг. колокольня была восстановлена областной реставрационной мастерской. В 1989 г. Акатов монастырь был возвращён Воронежской епархии Русской православной церкви, 4 ноября 1990 г. открыт как женский. Восстановлены двухэтажный Алексиевский храм: верхний, бывший Воскресенский, освящён 4 ноября 1990 г. во имя Алексия Московского, нижний, бывший Алексиевский, – 21 ноября 1991 г. в честь Владимирской иконы Божьей Матери; также восстановлены шатровая и надвратная колокольни. Построены часовня для водосвятных молебнов, двухэтажный келейный и гостиничный корпуса, дом для паломников, большая сестринская трапезная, просфорная, теплица, реставрационная, иконописная, швейная и деревообрабатывающая мастерские, гаражи, технические помещения. Насельницами выполнены росписи в трапезной, создан иконостас. В 1992–2000 гг. в монастыре засвидетельствовано обильное мироточение и обновление икон, особо почитаемых в епархии: Божьей Матери «Живоносный Источник» афонского письма, великомученика Пантелеимона, святителей Митрофана и Тихона Воронежских, Питирима Тамбовского. При монастыре имеются детская воскресная школа, благотворительная столовая, сельскохозяйственное подворье. Устроено монастырское кладбище, куда в 1993 г. перенесены с городского кладбища останки Воронежских архиереев XVIII–XX вв.: Пахомия (Шпаковского), Арсения (Москвина), Серафима (Аретинского), Вениамина (Смирнова), Анастасия (Добрадина), священномученика Тихона (Никанорова). Настоятельница с апреля 1992 г. – игуменья Варвара (Сажнева); в штате монастыря три священника, два диакона, 50 сестёр, 30 послушниц.